Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale - Archive ouverte HAL Access content directly
Conference Papers Year : 2007

Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale

Abstract

Nous proposons une approche pour faire apparaître les domaines structurant une famille de séquences génomiques. Cette approche repose sur l'hypothèse que les unités fonctionnellement pertinentes des séquences possèdent plusieurs occurrences au sein de la famille. Nous procédons en deux phases : 1. l'extraction des séquences répétées dans la famille, 2. la recherche d'un codage optimal de chaque séquence de la famille comme une concaténation des éléments isolés à la première étape. Nous exposons dans ce travail la recherche du codage par une approche d'optimisation combinatoire basée sur la programmation linéaire en nombres entiers. L'approche est illustrée sur la famille de transposons AtRep issue de A. thaliana.
Fichier principal
Vignette du fichier
veber4.pdf (114.87 Ko) Télécharger le fichier
Origin Files produced by the author(s)

Dates and versions

hal-00186471 , version 1 (09-11-2007)

Identifiers

  • HAL Id : hal-00186471 , version 1

Cite

Philippe Veber, Sébastien Tempel, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas. Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale. FRANCORO V/ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France. ⟨hal-00186471⟩
231 View
204 Download

Share

Gmail Mastodon Facebook X LinkedIn More