Genome evolution in yeasts.
Bernard Dujon
(1)
,
David Sherman
(2, 3)
,
Gilles Fischer
(1)
,
Pascal Durrens
(3, 4)
,
Serge Casaregola
(5)
,
Ingrid Lafontaine
(1)
,
Jacky de Montigny
(6)
,
Christian Marck
(7)
,
Cécile Neuvéglise
(5)
,
Emmanuel Talla
(1)
,
Nicolas Goffard
(3)
,
Lionel Frangeul
(8)
,
Michel Aigle
(4)
,
Véronique Anthouard
(9)
,
Anna Babour
(5)
,
Valérie Barbe
(9)
,
Stéphanie Barnay
(5)
,
Sylvie Blanchin
(5)
,
Jean-Marie Beckerich
(5)
,
Emmanuelle Beyne
(2, 3)
,
Claudine Bleykasten
(6)
,
Anita Boisramé
(5)
,
Jeanne Boyer
(1)
,
Laurence Cattolico
(9)
,
Fabrice Confanioleri
(10)
,
Antoine de Daruvar
(3)
,
Laurence Despons
(6)
,
Emmanuelle Fabre
(1)
,
Cécile Fairhead
(1)
,
Hélène Ferry-Dumazet
(3)
,
Alexis Groppi
(3)
,
Florence Hantraye
(11)
,
Christophe Hennequin
(1)
,
Nicolas Jauniaux
(6)
,
Philippe Joyet
(5)
,
Rym Kachouri
,
Alix Kerrest
(1)
,
Romain Koszul
(1)
,
Marc Lemaire
(12)
,
Isabelle Lesur
(2)
,
Laurence Ma
(8)
,
Héloïse Muller
(1)
,
Jean-Marc Nicaud
(5)
,
Macha Nikolski
(2)
,
Sophie Oztas
(9)
,
Odile Ozier-Kalogeropoulos
(1)
,
Stefan Pellenz
(1)
,
Serge Potier
(6)
,
Guy-Franck Richard
(1)
,
Marie-Laure Straub
(6)
,
Audrey Suleau
(5)
,
Dominique Swennen
(5)
,
Fredj Tekaia
(1)
,
Micheline Wésolowski-Louvel
(12)
,
Eric Westhof
(13)
,
Bénédicte Wirth
(6)
,
Maria Zeniou-Meyer
(6)
,
Ivan Zivanovic
(10)
,
Monique Bolotin-Fukuhara
(10)
,
Agnès Thierry
(1)
,
Christiane Bouchier
(8)
,
Bernard Caudron
(14)
,
Claude Scarpelli
(9)
,
Claude Gaillardin
(5)
,
Jean Weissenbach
(9)
,
Patrick Wincker
(9)
,
Jean-Luc Souciet
(6)
1
Génétique Moléculaire des Levures
2 LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
3 CBIB - Centre de Bioinformatique de Bordeaux
4 IBGC - Institut de biochimie et génétique cellulaires
5 Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
6 DEEGM - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
7 Service de Biochimie
8 Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
9 UMR 8030 - Génomique métabolique
10 IGM - Institut de génétique et microbiologie [Orsay]
11 Génétique des Interactions Macromoléculaires
12 UMG - Unité de Microbiologie et génétique
13 ARN - Architecture et réactivité de l'ARN
14 Logiciels et Banques de Données
2 LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
3 CBIB - Centre de Bioinformatique de Bordeaux
4 IBGC - Institut de biochimie et génétique cellulaires
5 Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
6 DEEGM - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
7 Service de Biochimie
8 Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
9 UMR 8030 - Génomique métabolique
10 IGM - Institut de génétique et microbiologie [Orsay]
11 Génétique des Interactions Macromoléculaires
12 UMG - Unité de Microbiologie et génétique
13 ARN - Architecture et réactivité de l'ARN
14 Logiciels et Banques de Données
David Sherman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1356
- IdHAL : david-james-sherman
- ORCID : 0000-0002-2316-1005
- IdRef : 09147101X
Gilles Fischer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 740227
- IdHAL : gilles-fischer
- ORCID : 0000-0001-5732-2682
- IdRef : 139512624
Pascal Durrens
- Fonction : Auteur
- PersonId : 3548
- IdHAL : pascal-durrens
- ORCID : 0000-0002-3948-7106
- IdRef : 225317915
Ingrid Lafontaine
- Fonction : Auteur
- PersonId : 956040
- IdHAL : ingrid-lafontaine
- ORCID : 0000-0003-4544-8055
- IdRef : 19823595X
Cécile Neuvéglise
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183393
- IdHAL : cecile-neuveglise
- ORCID : 0000-0001-5017-7830
- IdRef : 185868169
Lionel Frangeul
- Fonction : Auteur
- PersonId : 746605
- IdHAL : lfrangeu
- ORCID : 0000-0002-0992-8775
Michel Aigle
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1427671
- IdRef : 087268701
Valérie Barbe
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1187196
- IdHAL : valerie-barbe
- ORCID : 0000-0002-8162-3343
Claudine Bleykasten
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1303503
- ORCID : 0000-0002-4464-9042
- IdRef : 269621784
Anita Boisramé
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1143984
- IdHAL : anita-boisrame
- ORCID : 0000-0002-5995-2757
Laurence Cattolico
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183099
- IdHAL : laurence-cattolico
- IdRef : 253128889
Emmanuelle Fabre
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757159
- ORCID : 0000-0001-6614-2448
Cécile Fairhead
- Fonction : Auteur
- PersonId : 740673
- IdHAL : cecile-fairhead
- ORCID : 0000-0002-0456-0377
- IdRef : 152351302
Rym Kachouri
- Fonction : Auteur
Romain Koszul
- Fonction : Auteur
- PersonId : 734994
- IdHAL : romain-koszul
- ORCID : 0000-0002-3086-1173
- IdRef : 08902673X
Isabelle Lesur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 747480
- IdHAL : isabelle-lesur-kupin
Héloïse Muller
- Fonction : Auteur
- PersonId : 749990
- IdHAL : heloise-muller
- ORCID : 0000-0003-0853-822X
Macha Nikolski
- Fonction : Auteur
- PersonId : 2409
- IdHAL : macha-nikolski
- ORCID : 0000-0001-6059-577X
- IdRef : 134506049
Guy-Franck Richard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 734934
- IdHAL : gfrichar
- ORCID : 0000-0002-8233-3532
- IdRef : 125049153
Dominique Swennen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736367
- IdHAL : dominique-swennen
- ORCID : 0000-0002-9370-5717
- IdRef : 253121140
Eric Westhof
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756952
- ORCID : 0000-0002-6172-5422
- IdRef : 071323813
Christiane Bouchier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756591
- ORCID : 0000-0003-3549-1543
Claude Scarpelli
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1272396
- ORCID : 0000-0002-2458-9775
Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757160
- IdHAL : patrick-wincker
- ORCID : 0000-0001-7562-3454
Résumé
Identifying the mechanisms of eukaryotic genome evolution by comparative genomics is often complicated by the multiplicity of events that have taken place throughout the history of individual lineages, leaving only distorted and superimposed traces in the genome of each living organism. The hemiascomycete yeasts, with their compact genomes, similar lifestyle and distinct sexual and physiological properties, provide a unique opportunity to explore such mechanisms. We present here the complete, assembled genome sequences of four yeast species, selected to represent a broad evolutionary range within a single eukaryotic phylum, that after analysis proved to be molecularly as diverse as the entire phylum of chordates. A total of approximately 24,200 novel genes were identified, the translation products of which were classified together with Saccharomyces cerevisiae proteins into about 4,700 families, forming the basis for interspecific comparisons. Analysis of chromosome maps and genome redundancies reveal that the different yeast lineages have evolved through a marked interplay between several distinct molecular mechanisms, including tandem gene repeat formation, segmental duplication, a massive genome duplication and extensive gene loss.