Global trends of whole genome duplications revealed by the genome sequence of the ciliate Paramecium tetraurelia - Archive ouverte HAL
Article Dans Une Revue Nature Année : 2006

Global trends of whole genome duplications revealed by the genome sequence of the ciliate Paramecium tetraurelia

Jean-Marc Aury
CV
Olivier Jaillon
CV
* Laurent Duret
CV
Benjamin Noel
Claire Jubin
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 956039
Betina M. Porcel
CV
Béatrice Ségurens
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 908637
Vincent Daubin
Véronique Anthouard
  • Fonction : Auteur
Nathalie Aiach
  • Fonction : Auteur
Olivier Arnaiz
Alain Billaut
  • Fonction : Auteur
Janine Beisson
  • Fonction : Auteur
Isabelle Blanc
CV
Khaled Bouhouche
  • Fonction : Auteur
Régulation de l'expression génétique
Francisco Câmara
  • Fonction : Auteur
Sandra Duharcourt
Régulation de l'expression génétique
Roderic Guigo
  • Fonction : Auteur
Delphine Gogendeau
  • Fonction : Auteur
Michael Katinka
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 911250
Anne-Marie Keller
  • Fonction : Auteur
Roland Kissmehl
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 834786
Catherine Klotz
  • Fonction : Auteur
France Koll
  • Fonction : Auteur
Anne Le Mouël
  • Fonction : Auteur
Régulation de l'expression génétique
Gersende Lepère
  • Fonction : Auteur
Régulation de l'expression génétique
Sophie Malinsky
Régulation de l'expression génétique
Mariusz Nowacki
  • Fonction : Auteur
Régulation de l'expression génétique
Jacek K. Nowak
  • Fonction : Auteur
Helmut Plattner
  • Fonction : Auteur
Julie Poulain
Génomique métabolique
Françoise Ruiz
  • Fonction : Auteur
Vincent Serrano
  • Fonction : Auteur
Régulation de l'expression génétique
Marek Zagulski
  • Fonction : Auteur
Philippe Dessen
Mireille Bétermier
Régulation de l'expression génétique
Jean Weissenbach
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 911249
Institut de Génomique d'Evry
Claude Scarpelli
Vincent Schächter
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 855684
Linda Sperlin
  • Fonction : Auteur
Eric Meyer
Régulation de l'expression génétique
Jean Cohen
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 838156
Patrick Wincker
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
CV

Résumé

The duplication of entire genomes has long been recognized as having great potential for evolutionary novelties, but the mechanisms underlying their resolution through gene loss are poorly understood. Here we show that in the unicellular eukaryote Paramecium tetraurelia, a ciliate, most of the nearly 40,000 genes arose through at least three successive whole-genome duplications. Phylogenetic analysis indicates that the most recent duplication coincides with an explosion of speciation events that gave rise to the P. aurelia complex of 15 sibling species. We observed that gene loss occurs over a long timescale, not as an initial massive event. Genes from the same metabolic pathway or protein complex have common patterns of gene loss, and highly expressed genes are over-retained after all duplications. The conclusion of this analysis is that many genes are maintained after whole-genome duplication not because of functional innovation but because of gene dosage constraints.

Domaines

Biochimie, Biologie Moléculaire

Martine Duponchelle  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.science/hal-00090904

Soumis le : lundi 4 septembre 2006-12:56:26

Dernière modification le : mardi 3 septembre 2024-11:14:08

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Dates et versions

hal-00090904 , version 1 (04-09-2006)

Identifiants

Citer

Jean-Marc Aury, Olivier Jaillon, * Laurent Duret, Benjamin Noel, Claire Jubin, et al.. Global trends of whole genome duplications revealed by the genome sequence of the ciliate Paramecium tetraurelia. Nature, 2006, 444 (7116), pp.171-178. ⟨10.1038/nature05230⟩. ⟨hal-00090904⟩

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