La baie de Marseille est un environnement côtier méditerranéen complexe soumis à de nombreux apports externes et affecté par divers processus hydrodynamiques. Compte tenu de cette complexité, sa réaction face au changement global est particulièrement difficile à anticiper. Dans cette étude, une approche par modélisation couplée physique biogéochimie, idéale dans ce type d'environnement, est utilisée pour envisager l'évolution des propriétés de la baie pendant les 30 prochaines années, pour un scénario de changement climatique optimiste (RCP 2.6) et pessimiste (RCP 8.5). Les tendances obtenues montrent une augmentation de la température (comprise entre 0.07 et 0.25°C pour les 30 ans) et une diminution du pH (comprise entre -0.02 et -0.05 unité pH pour les 30 ans) dans les eaux de surface de la baie. Cependant, ces résultats doivent être utilisés avec précaution car ils sont entachés par différents biais : (i) une sous-estimation de la température en été, et une sous-estimation globale de la pCO2 marine, et (ii) une forte dépendance au forçage atmosphérique choisi qui est connu pour être dans la fourchette basse des projections des écarts à la normale de température de l'atmosphère et de leur variabilité.