Le LEHNA est organisé autour de 6 équipes de recherche et de 4 pôles thématiques :

Equipe 1, BAH : Etude des processus écologiques et évolutifs en jeu dans l’organisation et le fonctionnement des hydrosystèmes fluviaux.

Equipe 2, EVZH : Etude des réponses adaptatives et fonctionnelles des communautés végétales face aux contraintes environnementales, en particulier celles engendrées par le changement global.

Equipe 3, E3S : Etude des facteurs qui façonnent et des liens qui unissent l’évolution, la dynamique et le rôle de la biodiversité dans les écosystèmes souterrains.

Equipe 4, EC2 : Etude des mécanismes par lesquels des modifications de l'environnement (naturelles et anthropiques) affectent les processus écologiques, comportementaux et physiologiques et contribuent à la préservation de la biodiversité.

Equipe 5, IAPHY : Etude des eaux douces, des sédiments et des sols dans des systèmes anthropisés, notamment en termes de contaminations ou d’aménagements et de fonctionnements de ces systèmes (fleuves, infrastructures de transport, aménagements urbains…).

Equipe 6, P3E : Etude multidisciplinaire d’objets biologiques anciens : fonctionnement, dynamiques spatio-temporelles, processus macro-évolutifs et macro-écologiques sous-jacents.

Les pôles thématiques permettent d’aborder des questions de recherche orthogonales aux 6 équipes :

TIGE : Etude interdisciplinaire des mécanismes génétiques/génomiques associés aux réponses des organismes aux conditions environnementales.

FONDU : Etude des forçages anthropiques, de leurs impacts et des solutions permettant de limiter ces impacts.

FonHyd : Etude des processus physiques, chimiques et biologiques impliqués dans le fonctionnement des hydrosystèmes et des conséquences sur leurs propriétés.

MAF : Promouvoir de nouvelles méthodes de mesure et d’analyse de la biodiversité dans un contexte de convergence et de globalisation des sciences écologiques et évolutives.