Les rétrovirus endogènes (ERV) résultent d’infections ancestrales de rétrovirus exogènes dans les cellules germinales de leurs hôtes et de leur transmission verticale à la descendance. Longtemps considérés sans impact pour l’hôte, les ERV s’avèrent être des composants majeurs des génomes de mammifères avec des fonctions indispensables à leur développement. Les ERV représentent environ 3% du génome des petits ruminants incluant des ß-ERV qui coexistent avec leurs homologues exogènes responsables de cancers respiratoires. Leur rôle in vivo n’est pas connu. La nature répétitive et la faible diversité génétique des ERV créent des ambiguïtés lors des étapes d'alignement ou d'assemblage des données de séquençage compliquant ainsi l’identification et l’analyse de l'expression loci-spécifique des ERV. Pour répondre à ce double challenge, nous avons développé une approche bio-informatique permettant l'étude de l’expression des ß-ERV dans 60 tissus du mouton utilisé pour l’assemblage du génome de référence ovin le plus récent (ARS-UI_Ramb_v2.0). Nous avons montré que le niveau d’expression des β-ERV était tissus-spécifique, avec une activité transcriptionnelle importante dans les poumons, l’oviducte et le rein. Une analyse basée sur la similarité de séquence a permis de caractériser les sites d’intégration et les séquences de 77 β-ERV dans le génome ARS-UI_Ramb_v2.0, incluant 40 LTR (Long Terminal Repeat) solo et 37 copies contenant des gènes rétroviraux. L’analyse individuelle de la transcription de chaque copie a montré que l'expression globale dans les tissus pouvait être expliquée par l’expression de plusieurs loci de β-ERV. En conclusion, cette étude exploratoire combinant données génomiques et transcriptomiques chez un même animal, nous a permis de développer un pipeline bio-informatique, allant de l’identification des insertions de β-ERV à l’analyse de leur expression tissulaire. L'établissement de réseaux de co-expression des β-ERV et des gènes de l'hôte nous permettra de mieux comprendre l’impact des ERV sur le génome des petits ruminants.