Les b-rétrovirus ENTV (Enzootic Nasal Tumor Virus) et JSRV (Jaagsiekte Sheep Retrovirus) sont responsables de cancers respiratoires chez les chèvres et les moutons. Le pouvoir oncogénique est porté par la région intracytoplasmique de l’enveloppe (Env). Ces cancers viro-induits endémiques en France peuvent s’exprimer au sein d’un troupeau sous forme de cas isolés ou de foyers de maladie. Notre objectif était de déterminer la diversité des souches de β-rétrovirus exogènes circulant en France en fonction de la sévérité des signes cliniques. Nous avons analysé les séquences de 50 souches de b-rétrovirus (29 JSRV, 21 ENTV), dans le gène env, codant l’enveloppe virale oncogénique, et dans la région non codante LTR (Long Terminal Repeat) contrôlant la réplication virale. La présence de multiples copies de b rétrovirus endogènes, fixées dans les génomes des petits ruminants, et très proches génétiquement de leurs contreparties exogènes oncogéniques, a nécessité le développement d’une stratégie assurant une amplification sélective des seules séquences exogènes. Les souches d’ENTV sont globalement moins diverses (0,4 % de variabilité en nt) que les souches de JSRV (4,8 %) ; cette faible diversité d’ENTV ne permet pas d’identifier des sous-types. En revanche, les rétrovirus JSRV circulants en France se répartissent dans 2 sous-types génétiques distincts, discriminés par la présence de motifs spécifiques dans les LTR et par leur séquence dans le domaine oncogénique intracytoplasmique de l’enveloppe. Les séquences associées aux foyers de cancer de JSRV sont regroupées au sein d’un seul sous-type, au sein duquel la région U3 du LTR présente une duplication du site de fixation de CREB, impliqué dans la modulation de la transcription, et la présence d’un site de fixation d’E2F-1, impliqué dans la modulation de la prolifération cellulaire. En conclusion, cette étude suggère la présence de signatures génétiques associées à la sévérité d’expression de la maladie dans les troupeaux.