Phylogeny of the neogastropods : methodological developments and evaluation of the success of the exon capture approach
Phylogénie des néogastéropodes : développements méthodologiques et évaluation du succès de l'approche par capture d'exons
Résumé
The neogastropods (Mollusca, Neogastropoda) constitute a hyperdiversified group of marine predators, which includes more than 15,000 described species. Despite recent significant efforts to resolve the phylogenetic relationships between superfamilies and families, these remain largely unresolved and based on limited sampling. The objective of the thesis was therefore to produce a new phylogeny, based on a greater number of molecular markers, and on sampling at the generic rank that is as exhaustive as possible. In the introductory chapter, I present a molecular phylogeny based on mitochondrial genomes, but which remains limited, an observation that led us to the implementation of an exon capture approach. In the second chapter, I present the exon capture method, and in particular the applied design strategy for new capture probes, and the sampling protocol implemented, including approximately 800 of the 1,200 genera currently considered as valid, as well as a large number of external groups. I included denser sampling (several species per genera) for the Raphitomidae family, in order to test the resolving power of our markers at different taxonomic levels. The following chapter is devoted to evaluating the impact of phylogenetic distance on the ability of the probes to capture the target exons, using a suitable dataset. The fourth and final chapter presents the molecular phylogenies of neogastropods and Raphitomidae, and their potential impact on the classification. The results obtained will be used within the framework of the HYPERDIVERSE project to study the dynamics of diversification of the group and to analyze the processes which could be at the origin of the evolutionary success of this group.
Les néogastéropodes (Mollusca, Neogastropoda) constituent un groupe de prédateurs marins hyperdiversifié, qui inclut plus de 15000 espèces décrites. Malgré des efforts significatifs afin de résoudre les relations phylogénétiques entre les super-familles et familles, celles-ci restent largement irrésolues et basées sur un échantillonnage limité. L'enjeu de la thèse était donc de produire une nouvelle phylogénie, basée sur un plus grand nombre de marqueurs moléculaires, et sur un échantillonnage au rang générique le plus exhaustif possible. Dans un premier chapitre introductif, je présente une phylogénie moléculaire basée sur les génomes mitochondriaux, mais qui restent encore limitée, constat nous ayant conduit à la mise en place d'une approche de capture d'exons. Dans un deuxième chapitre, je présente la méthode de capture d'exons, et en particulier la stratégie de design de nouvelles sondes de capture appliquée, ainsi que le protocole d'échantillonnage mis en place, incluant environ 800 des 1200 genres considérés comme valides actuellement, ainsi qu'un grand nombre de groupes externes. J'ai inclus également un échantillonnage plus dense (plusieurs espèces par genres) pour la famille des Raphitomidae, de façon à tester le pouvoir résolutif de nos marqueurs à différentes niveaux taxonomiques. Le chapitre suivant est consacré à l'évaluation de l'impact de la distance phylogénétique sur la capacité des sondes à capturer les exons cibles, à l'aide d'un jeu de données adaptés. Enfin le quatrième et dernier chapitre présente les phylogénies moléculaires des néogastéropodes et des Raphitomidae, et leur impact potentiel sur la classification. Les résultats obtenus seront ensuite utilisés dans le cadre du projet HYPERDIVERSE pour étudier la dynamique de diversification du groupe et analyser les processus qui pourraient être à l'origine du succès évolutif du groupe.
| Origine | Version validée par le jury (STAR) |
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