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Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
Yoann Dufresne
,
Juraj Michalik
,
Areski Flissi
,
Valérie Leclère
,
Maude Pupin
et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Poster de conférence
hal-01889117v1
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Reconsidering the significance of genomic word frequencies.
Miklós Csűrös
,
Laurent Noé
,
Gregory Kucherov
Article dans une revue
inria-00448737v1
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Compression et indexation de séquences annotées
Tatiana Rocher
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-01758361v1
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Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems
Robert Giegerich
,
Hélène Touzet
Article dans une revue
hal-01084318v1
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Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Christophe Vroland
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-01576433v1
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How to make teenage girls love coding ?
Tatiana Rocher
,
Maude Pupin
,
Philippe Marquet
,
Yann Secq
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
Communication dans un congrès
hal-01552490v1
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Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Antoine Thomas
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-01067114v1
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Dualities in Tree Representations
Rayan Chikhi
,
Alexander Schönhuth
2018
Pré-publication, Document de travail
hal-01935566v1
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Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Mickael Chevalier
,
Emma Ricart
,
Emeline Hanozin
,
Maude Pupin
,
Philippe Jacques
et al.
Article dans une revue
hal-02417587v1
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Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Pierre Marijon
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-02441360v1
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The molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth
Mathieu Groussin
,
Bastien Boussau
,
Sandrine Charles
,
Samuel Blanquart
,
Manolo Gouy
et al.
Article dans une revue
hal-00918283v1
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Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
Antoine Thomas
,
Jean-Stéphane Varré
,
Ouangraoua Aïda
Article dans une revue
inria-00635003v1
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Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
Yoann Dufresne
,
Valérie Leclère
,
Philippe Jacques
,
Laurent Noé
,
Maude Pupin
et al.
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
Communication dans un congrès
hal-00843827v1
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Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Ségolène Caboche
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00823447v1
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Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations
Marta Gîrdea
,
Laurent Noé
,
Gregory Kucherov
Article dans une revue
hal-00784444v1
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Does hybridization increase evolutionary rate? Data from the 28S-rDNA D8 domain in echinoderms.
Anne Chenuil
,
Emilie Egea
,
Caroline Rocher
,
Hélène Touzet
,
Jean-Pierre Féral
et al.
Article dans une revue
istex
hal-00824034v1
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Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis
Qassim Esmaeel
,
Maude Pupin
,
Nam Phuong Kieu
,
Gabrielle Chataigné
,
Max Béchet
et al.
Article dans une revue
hal-01398944v1
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Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
Alexander Sczyrba
,
Peter Hofmann
,
Peter Belmann
,
David Koslicki
,
Stefan Janssen
et al.
Article dans une revue
hal-01633525v1
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Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit
Mathieu Giraud
,
Mikaël Salson
,
Marc Duez
,
Jean-Stéphane Varré
,
Céline Villenet
et al.
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès
hal-00857581v1
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Optimal neighborhood indexing for protein similarity search
Pierre Peterlongo
,
Laurent Noé
,
Dominique Lavenier
,
van Hoa Nguyen
,
Gregory Kucherov
et al.
Article dans une revue
inria-00340510v1
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Mitochondrial genes support a common origin of rodent malaria parasites and Plasmodium falciparum's relatives infecting great apes
Samuel Blanquart
,
Olivier Gascuel
Article dans une revue
hal-00784426v1
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ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders
Amandine Perrin
,
Jean-Stéphane Varré
,
Samuel Blanquart
,
Aïda Ouangraoua
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
Communication dans un congrès
hal-01083841v1
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DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition
Jérôme Audoux
,
Nicolas Philippe
,
Rayan Chikhi
,
Mikael Salson
,
Mélina Gallopin
et al.
Article dans une revue
hal-01728770v1
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MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.
Arnaud Fontaine
,
Antoine de Monte
,
Hélène Touzet
Article dans une revue
hal-00823594v1
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Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology
Samuel Blanquart
,
Jean-Stéphane Varré
,
Paul Guertin
,
Amandine Perrin
,
Anne Bergeron
et al.
BMC Genomics, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
Article dans une revue
hal-01396410v1
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MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes
Pierre Pericard
,
Yoann Dufresne
,
Loïc Couderc
,
Samuel Blanquart
,
Hélène Touzet
et al.
Article dans une revue
hal-01646297v1
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Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
Arnaud Fontaine
,
Hélène Touzet
Article dans une revue
hal-00823601v1
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A Coverage Criterion for Spaced Seeds and Its Applications to Support Vector Machine String Kernels and $k$-Mer Distances
Laurent Noé
,
Donald E. K. Martin
Article dans une revue
hal-01083204v1
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Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics
Léa Siegwald
,
Hélène Touzet
,
Yves Lemoine
,
David Hot
,
Christophe Audebert
et al.
Article dans une revue
hal-01575755v1
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Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data
Leandro Lima
,
Camille Marchet
,
Ségolène Caboche
,
Corinne da Silva
,
Benjamin Istace
et al.
Article dans une revue
hal-02394395v1
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