Recherche - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu

Filtrer vos résultats

154 Résultats
Structure : Identifiant HAL de la structure : 300009
Image document

Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis

Qassim Esmaeel , Maude Pupin , Nam Phuong Kieu , Gabrielle Chataigné , Max Béchet et al.
MicrobiologyOpen, 2016, 5 (3), pp.512 - 526. ⟨10.1002/mbo3.347⟩
Article dans une revue hal-01398944v1
Image document

Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software

Alexander Sczyrba , Peter Hofmann , Peter Belmann , David Koslicki , Stefan Janssen et al.
Nature Methods, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
Article dans une revue hal-01633525v1
Image document

Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux

Ségolène Caboche
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00823447v1

Does hybridization increase evolutionary rate? Data from the 28S-rDNA D8 domain in echinoderms.

Anne Chenuil , Emilie Egea , Caroline Rocher , Hélène Touzet , Jean-Pierre Féral et al.
Journal of Molecular Evolution, 2008, 67 (5), pp.539-50. ⟨10.1007/s00239-008-9171-8⟩
Article dans une revue istex hal-00824034v1

Genome Dedoubling by DCJ and Reversal

Antoine Thomas , Jean-Stéphane Varré , Ouangraoua Aïda
BMC Bioinformatics, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
Article dans une revue inria-00635003v1
Image document

Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems

Robert Giegerich , Hélène Touzet
Algorithms, 2014, 7, pp.62 - 144. ⟨10.3390/a7010062⟩
Article dans une revue hal-01084318v1
Image document

The molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth

Mathieu Groussin , Bastien Boussau , Sandrine Charles , Samuel Blanquart , Manolo Gouy et al.
Biology Letters, 2013, 9 (5), pp.20130608. ⟨10.1098/rsbl.2013.0608⟩
Article dans une revue hal-00918283v1
Image document

Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations

Marta Gîrdea , Laurent Noé , Gregory Kucherov
Algorithms for Molecular Biology, 2010, 5 (1), pp.6. ⟨10.1186/1748-7188-5-6⟩
Article dans une revue hal-00784444v1
Image document

Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle

Yoann Dufresne , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Laurent Noé , Maude Pupin et al.
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
Communication dans un congrès hal-00843827v1

Reconsidering the significance of genomic word frequencies.

Miklós Csűrös , Laurent Noé , Gregory Kucherov
Trends in Genetics, 2007, 23 (11), pp.543-6. ⟨10.1016/j.tig.2007.07.008⟩
Article dans une revue inria-00448737v1
Image document

Novel components at the periphery of long read genome assembly tools

Pierre Marijon
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-02441360v1

Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides

Mickael Chevalier , Emma Ricart , Emeline Hanozin , Maude Pupin , Philippe Jacques et al.
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
Article dans une revue hal-02417587v1
Image document

Compression et indexation de séquences annotées

Tatiana Rocher
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01758361v1
Image document

Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base

Yoann Dufresne , Juraj Michalik , Areski Flissi , Valérie Leclère , Maude Pupin et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Poster de conférence hal-01889117v1

Dualities in Tree Representations

Rayan Chikhi , Alexander Schönhuth
2018
Pré-publication, Document de travail hal-01935566v1
Image document

Rearrangement problems with duplicated genomic markers

Antoine Thomas
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01067114v1
Image document

Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN

Christophe Vroland
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01576433v1
Image document

How to make teenage girls love coding ?

Tatiana Rocher , Maude Pupin , Philippe Marquet , Yann Secq
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
Communication dans un congrès hal-01552490v1

Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Jean-Stéphane Varré , Céline Villenet et al.
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-00857581v1
Image document

Décoder le génome : vers la compréhension du fonctionnement du SARS-CoV-2

Hélène Touzet , Mikaël Salson , Claire Lemaitre
Interstices, 2022
Article dans une revue hal-03750389v1
Image document

Mitochondrial genes support a common origin of rodent malaria parasites and Plasmodium falciparum's relatives infecting great apes

Samuel Blanquart , Olivier Gascuel
BMC Evolutionary Biology, 2011, 11 (1), pp.70. ⟨10.1186/1471-2148-11-70⟩
Article dans une revue hal-00784426v1
Image document

Optimal neighborhood indexing for protein similarity search

Pierre Peterlongo , Laurent Noé , Dominique Lavenier , van Hoa Nguyen , Gregory Kucherov et al.
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩
Article dans une revue inria-00340510v1

Bipartite Graphs of Small Readability

Rayan Chikhi , Vladan Jovičić , Stefan Kratsch , Paul Medvedev , Martin Milanic et al.
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
Communication dans un congrès hal-01935562v1

Genome scaffolding with PE-contaminated mate-pair libraries

Kristoffer Sahlin , Rayan Chikhi , Lars Arvestad.
WABI 2015, 2015, Atlanta, United States. ⟨10.1101/025650⟩
Communication dans un congrès hal-01236176v1
Image document

A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity.

Ammar Hasan Abdo , Ségolène Caboche , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Maude Pupin et al.
Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2012, 26 (10), pp.1187-94. ⟨10.1007/s10822-012-9608-4⟩
Article dans une revue hal-00750002v1

Nonribosomal peptide synthetase with a unique iterative-alternative-optional mechanism catalyzes amonabactin synthesis in Aeromonas

Qassim Esmaeel , Mickael Chevalier , Gabrielle Chataigne , Rathinasamy Subashkumar , Philippe Jacques et al.
Applied Microbiology and Biotechnology, 2016, 100 (19), pp.8453-8463. ⟨10.1007/s00253-016-7773-4⟩
Article dans une revue hal-01601408v1

A time- and cost-effective strategy to sequence mammalian Y Chromosomes: an application to the de novo assembly of gorilla Y

Marta Tomaszkiewicz , Samarth Rangavittal , Monika Cechova , Rebeca Campos Sanchez , Howard William Fescemyer et al.
Genome Research, 2016, 26 (4), pp.530 - 540. ⟨10.1101/gr.199448.115⟩
Article dans une revue hal-01395702v1
Image document

One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia

Patrick Villarese , Chrystelle Abdo , Matthieu Bertrand , Florian Thonier , Mathieu Giraud et al.
Anton W. Langerak. Immunogenetics. Methods and Protocols, 2453, Springer, pp.43-59, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_3⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03684695v1
Image document

SortMeRNA: Fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data.

Evguenia Kopylova , Laurent Noé , Héléne Touzet
Bioinformatics, 2012, 28 (24), pp.3211-3217. ⟨10.1093/bioinformatics/bts611⟩
Article dans une revue hal-00748990v1
Image document

Tandem Halving Problems by DCJ

Antoine Thomas , Aïda Ouangraoua , Jean-Stéphane Varré
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
Communication dans un congrès hal-00749019v1