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143 Résultats
Structure : Identifiant HAL de la structure : 104752
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MAGNOLIA: multiple alignment of protein-coding and structural RNA sequences.

Arnaud Fontaine , Antoine de Monte , Hélène Touzet
Nucleic Acids Research, 2008, 36 (Web Server issue), pp.W14-8. ⟨10.1093/nar/gkn321⟩
Article dans une revue hal-00823594v1
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A Coverage Criterion for Spaced Seeds and Its Applications to Support Vector Machine String Kernels and $k$-Mer Distances

Laurent Noé , Donald E. K. Martin
Journal of Computational Biology, 2014, 21 (12), pp.28. ⟨10.1089/cmb.2014.0173⟩
Article dans une revue hal-01083204v1

Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis

Arnaud Fontaine , Hélène Touzet
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
Article dans une revue hal-00823601v1
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Assisted transcriptome reconstruction and splicing orthology

Samuel Blanquart , Jean-Stéphane Varré , Paul Guertin , Amandine Perrin , Anne Bergeron et al.
BMC Genomics, 2016, Proceedings of the 14th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics Satellite Workshop: genomics, 17 (Suppl 10), pp.786. ⟨10.1186/s12864-016-3103-6⟩
Article dans une revue hal-01396410v1
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DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition

Jérôme Audoux , Nicolas Philippe , Rayan Chikhi , Mikael Salson , Mélina Gallopin et al.
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩
Article dans une revue hal-01728770v1
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ProCARs: Progressive Reconstruction of Ancestral Gene Orders

Amandine Perrin , Jean-Stéphane Varré , Samuel Blanquart , Aïda Ouangraoua
ISCB-Latin America, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil
Communication dans un congrès hal-01083841v1
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MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes

Pierre Pericard , Yoann Dufresne , Loïc Couderc , Samuel Blanquart , Hélène Touzet et al.
Article dans une revue hal-01646297v1
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TgAP2IX-5 is a key transcriptional regulator of the asexual cell cycle division in Toxoplasma gondii

Asma S. Khelifa , Cecilia Guillen Sanchez , Kevin M. Lesage , Ludovic Huot , Thomas Mouveaux et al.
Nature Communications, 2021, 12, pp.116. ⟨10.1038/s41467-020-20216-x⟩
Article dans une revue hal-03107529v2
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Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis

Yann Ferret , Aurélie Caillault , Shéhérazade Sebda , Marc Duez , Nathalie Grardel et al.
British Journal of Haematology, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
Article dans une revue hal-01279160v1
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Comparative assessment of long-read error correction software applied to Nanopore RNA-sequencing data

Leandro Lima , Camille Marchet , Ségolène Caboche , Corinne da Silva , Benjamin Istace et al.
Briefings in Bioinformatics, 2019, pp.1-18. ⟨10.1093/bib/bbz058⟩
Article dans une revue hal-02394395v1

Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)

Nathalie Grardel , Mikaël Salson , Aurélie Caillault , Marc Duez , Céline Villenet et al.
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01100152v1
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Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics

Léa Siegwald , Hélène Touzet , Yves Lemoine , David Hot , Christophe Audebert et al.
PLoS ONE, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
Article dans une revue hal-01575755v1

Bioinformatics tools for the discovery of new lipopeptides with biocontrol applications

Maude Pupin , Areski Flissi , Philippe Jacques , Valérie Leclère
European Journal of Plant Pathology, 2018, ⟨10.1007/s10658-018-1544-2⟩
Article dans une revue hal-01937890v1
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Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network

Ammar Abdo , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Naomie Salim , Maude Pupin et al.
Journal of Chemical Information and Modeling, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
Article dans une revue hal-01090611v1
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Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics

Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Laetitia Jourdan et al.
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
Communication dans un congrès inria-00623390v1

Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory

Rayan Chikhi , Antoine Limasset , Paul Medvedev
Bioinformatics, 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
Article dans une revue hal-01395704v1
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Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche

Antoine Rousseau , Aurélie Darnaud , Brice Goglin , Céline Acharian , Christine Leininger et al.
[Interne] Inria. 2013, pp.34
Rapport hal-00804915v1
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Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base

Yoann Dufresne , Juraj Michalik , Areski Flissi , Valérie Leclère , Maude Pupin et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Poster de conférence hal-01889117v1

Reconsidering the significance of genomic word frequencies.

Miklós Csűrös , Laurent Noé , Gregory Kucherov
Trends in Genetics, 2007, 23 (11), pp.543-6. ⟨10.1016/j.tig.2007.07.008⟩
Article dans une revue inria-00448737v1
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Compression et indexation de séquences annotées

Tatiana Rocher
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01758361v1
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Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems

Robert Giegerich , Hélène Touzet
Algorithms, 2014, 7, pp.62 - 144. ⟨10.3390/a7010062⟩
Article dans une revue hal-01084318v1
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Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN

Christophe Vroland
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01576433v1
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How to make teenage girls love coding ?

Tatiana Rocher , Maude Pupin , Philippe Marquet , Yann Secq
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
Communication dans un congrès hal-01552490v1
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Rearrangement problems with duplicated genomic markers

Antoine Thomas
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01067114v1

Dualities in Tree Representations

Rayan Chikhi , Alexander Schönhuth
2018
Pré-publication, Document de travail hal-01935566v1

Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides

Mickael Chevalier , Emma Ricart , Emeline Hanozin , Maude Pupin , Philippe Jacques et al.
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
Article dans une revue hal-02417587v1
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Novel components at the periphery of long read genome assembly tools

Pierre Marijon
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-02441360v1
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The molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth

Mathieu Groussin , Bastien Boussau , Sandrine Charles , Samuel Blanquart , Manolo Gouy et al.
Biology Letters, 2013, 9 (5), pp.20130608. ⟨10.1098/rsbl.2013.0608⟩
Article dans une revue hal-00918283v1

Genome Dedoubling by DCJ and Reversal

Antoine Thomas , Jean-Stéphane Varré , Ouangraoua Aïda
BMC Bioinformatics, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
Article dans une revue inria-00635003v1
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Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle

Yoann Dufresne , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Laurent Noé , Maude Pupin et al.
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
Communication dans un congrès hal-00843827v1