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Bit-Parallel Multiple Pattern Matching
Tuan Tu Tran
,
Mathieu Giraud
,
Jean-Stéphane Varré
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland
Communication dans un congrès
inria-00637227v1
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Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis
Nathalie Grardel
,
Mathieu Giraud
,
Mikaël Salson
,
Marc Duez
American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. , 2014
Poster de conférence
hal-01100290v1
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A scenario of mitochondrial genome evolution in maize based on rearrangement events
Aude Darracq
,
Jean-Stéphane Varré
,
Pascal Touzet
Article dans une revue
hal-00468454v1
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On subset seeds for protein alignment
Mikhail A. Roytberg
,
Anna Gambin
,
Laurent Noé
,
Slawomir Lasota
,
Eugenia Furletova
et al.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2009, 6 (3), pp.483-494. ⟨10.1109/TCBB.2009.4⟩
Article dans une revue
inria-00354773v1
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Lossless seeds for searching short patterns with high error rates
Christophe Vroland
,
Mikaël Salson
,
Hélène Touzet
International Workshop On Combinatorial Algorithms, Oct 2014, Duluth, United States
Communication dans un congrès
hal-01079840v1
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Automatic Annotation and Dereplication of Tandem Mass Spectra of Peptidic Natural Products
Emma Ricart
,
Maude Pupin
,
Markus Müller
,
Frédérique Lisacek
Article dans une revue
hal-03082142v1
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miRkwood: a tool for the reliable identification of microRNAs in plant genomes
Isabelle Guigon
,
Sylvain Legrand
,
Jean-Frédéric Berthelot
,
Sébastien Bini
,
Delphine Lanselle
et al.
Article dans une revue
hal-02265367v1
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Querying Large Read Collections in Main Memory: A Versatile data Structure
Nicolas Philippe
,
Mikael Salson
,
Thierry Lecroq
,
Martine Léonard
,
Thérèse Commes
et al.
Article dans une revue
lirmm-00632958v1
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Efficient seeding techniques for protein similarity search
Mihkail Roytberg
,
Anna Gambin
,
Laurent Noé
,
Slawomir Lasota
,
Eugenia Furletova
et al.
Communication dans un congrès
inria-00335564v1
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Approximate search of short patterns with high error rates using the 01⁎0 lossless seeds
Christophe Vroland
,
Mikael Salson
,
Sébastien Bini
,
Hélène Touzet
Article dans une revue
hal-01360485v1
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rBAN: retro-biosynthetic analysis of nonribosomal peptides
Emma Ricart
,
Valérie Leclère
,
Areski Flissi
,
Markus Mueller
,
Maude Pupin
et al.
Article dans une revue
hal-02167433v1
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RNAspace.org: An integrated environment for the prediction, annotation, and analysis of ncRNA.
Marie-Josée Cros
,
Antoine de Monte
,
Jérôme J. Mariette
,
Philippe Bardou
,
Benjamin Grenier-Boley
et al.
Article dans une revue
hal-00639174v1
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SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins
Samuel Alizon
,
Frédéric Cazals
,
Stéphane Guindon
,
Claire Lemaitre
,
Tristan Mary-Huard
et al.
[Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35
Rapport
hal-03170023v1
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Reconstruction of full-length 16S rRNA sequences for taxonomic assignment in metagenomics
Pierre Pericard
,
Yoann Dufresne
,
Samuel Blanquart
,
Hélène Touzet
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Communication dans un congrès
hal-01574629v1
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Sequence Indexing
Thierry Lecroq
,
Mikaël Salson
From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, 1, Wiley, 2022, 9781394169641. ⟨10.1002/9781394169641.ch2⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-03788611v1
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Sequence Alignment
Laurent Noé
Chapitre d'ouvrage
hal-03932710v1
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Reproductive isolation among lineages of Silene nutans (Caryophyllaceae): A potential involvement of plastid-nuclear incompatibilities
Zoé Postel
,
Céline Poux
,
Sophie Gallina
,
Jean-Stéphane Varré
,
Cécile Godé
et al.
Article dans une revue
hal-03658294v1
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Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing
Mathieu Giraud
,
Mikaël Salson
,
Marc Duez
,
Céline Villenet
,
Sabine Quief
et al.
Article dans une revue
hal-01009173v1
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Manycore high-performance computing in bioinformatics
Jean-Stéphane Varré
,
Bertil Schmidt
,
Stéphane Janot
,
Mathieu Giraud
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
Chapitre d'ouvrage
hal-00563408v1
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Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases
Maude Pupin
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013
HDR
tel-00918918v1
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NORINE: a database of nonribosomal peptides.
Ségolène Caboche
,
Maude Pupin
,
Valérie Leclère
,
Arnaud Fontaine
,
Philippe Jacques
et al.
Article dans une revue
inria-00281012v1
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Évolution des génomes mitochondriaux de plantes : approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris
Aude Darracq
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00833144v1
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Parallel Position Weight Matrices Algorithms
Mathieu Giraud
,
Jean-Stéphane Varré
Article dans une revue
hal-00623404v1
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Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants
Arnaud Fontaine
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00401991v2
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A combinatorial and integrated method to analyse RNA-seq reads
Nicolas Philippe
,
Mikael Salson
,
Thérèse Commes
,
Eric Rivals
Article dans une revue
lirmm-00757979v1
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Compter les globules blancs, analyser les partitions
Mathieu Giraud
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
HDR
tel-01577763v1
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Modeling alternate RNA structures in genomic sequences.
Azadeh Saffarian
,
Mathieu Giraud
,
Hélène Touzet
Journal of Computational Biology, 2015, 22 (3), pp.190-204
Article dans une revue
hal-01228130v1
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Graph analysis of fragmented long-read bacterial genome assemblies
Pierre Marijon
,
Rayan Chikhi
,
Jean-Stéphane Varré
Article dans une revue
hal-02167175v1
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Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases
Ammar Abdo
,
Eissa Ghaleb
,
Naser Alajmi
,
Maude Pupin
Article dans une revue
hal-03081813v1
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SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation
Evguenia Kopylova
,
Laurent Noé
,
Pierre Pericard
,
Mikaël Salson
,
Hélène Touzet
et al.
Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
Communication dans un congrès
hal-01094011v1
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