Finding and analysing microRNAs in plant genomes with miRkwood
Isabelle Guigon
,
Sylvain Legrand
,
Jean-Frédéric Berthelot
,
Mohcen Benmounah
,
Helene Touzet
et al.
JOBIM 2015 , Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis
Pierre Marijon
,
Jean-Stéphane Varré
,
Rayan Chikhi
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques , Jul 2017, Lille, France.
Poster de conférence
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Back-translation for discovering distant protein homologies
Marta L. Gîrdea
,
Laurent Noé
,
Gregory Kucherov
the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI) , Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120,
⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩
Communication dans un congrès
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Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs
Jean-Stéphane Varré
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
HDR
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Matrices score-position, algorithmes et propriétés
Aude Liefooghe
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008. Français.
⟨NNT : ⟩
Thèse
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Norine: update of the nonribosomal peptide resource
Areski Flissi
,
Emma Ricart
,
Clémentine Campart
,
Mickael Chevalier
,
Yoann Dufresne
et al.
Article dans une revue
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Sneak peek at the -tig sequences: useful sequences built from nucleic acid data
Camille Marchet
2022
Pré-publication, Document de travail
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Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
Nicolas Guillaudeux
,
Catherine Belleannée
,
Samuel Blanquart
,
Jean-Stéphane Varré
Poster de conférence
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Chromosome-level genome assembly reveals homologous chromosomes and recombination in asexual rotifer Adineta vaga
Paul Simion
,
Jitendra Narayan
,
Antoine Houtain
,
Alessandro Derzelle
,
Lyam Baudry
et al.
Article dans une revue
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Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base
Yoann Dufresne
,
Juraj Michalik
,
Areski Flissi
,
Valérie Leclère
,
Maude Pupin
et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques , Jul 2017, Lille, France
Poster de conférence
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Reconsidering the significance of genomic word frequencies.
Miklós Csűrös
,
Laurent Noé
,
Gregory Kucherov
Article dans une revue
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Compression et indexation de séquences annotées
Tatiana Rocher
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français.
⟨NNT : ⟩
Thèse
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Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems
Robert Giegerich
,
Hélène Touzet
Article dans une revue
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Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN
Christophe Vroland
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français.
⟨NNT : ⟩
Thèse
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How to make teenage girls love coding ?
Tatiana Rocher
,
Maude Pupin
,
Philippe Marquet
,
Yann Secq
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing , ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
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Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Antoine Thomas
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English.
⟨NNT : ⟩
Thèse
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Dualities in Tree Representations
Rayan Chikhi
,
Alexander Schönhuth
2018
Pré-publication, Document de travail
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LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching
Maude Pupin
,
Ammar Abdo
Article dans une revue
hal-03461046v1
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Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides
Mickael Chevalier
,
Emma Ricart
,
Emeline Hanozin
,
Maude Pupin
,
Philippe Jacques
et al.
Article dans une revue
hal-02417587v1
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Novel components at the periphery of long read genome assembly tools
Pierre Marijon
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English.
⟨NNT : ⟩
Thèse
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The molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth
Mathieu Groussin
,
Bastien Boussau
,
Sandrine Charles
,
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,
Manolo Gouy
et al.
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Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
Antoine Thomas
,
Jean-Stéphane Varré
,
Ouangraoua Aïda
Article dans une revue
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Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
Yoann Dufresne
,
Valérie Leclère
,
Philippe Jacques
,
Laurent Noé
,
Maude Pupin
et al.
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques , Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
Communication dans un congrès
hal-00843827v1
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Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Ségolène Caboche
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français.
⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00823447v1
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Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations
Marta Gîrdea
,
Laurent Noé
,
Gregory Kucherov
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Does hybridization increase evolutionary rate? Data from the 28S-rDNA D8 domain in echinoderms.
Anne Chenuil
,
Emilie Egea
,
Caroline Rocher
,
Hélène Touzet
,
Jean-Pierre Féral
et al.
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istex
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Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis
Qassim Esmaeel
,
Maude Pupin
,
Nam Phuong Kieu
,
Gabrielle Chataigné
,
Max Béchet
et al.
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Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
Alexander Sczyrba
,
Peter Hofmann
,
Peter Belmann
,
David Koslicki
,
Stefan Janssen
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A complete protocol for whole-genome sequencing of virus from clinical samples: Application to coronavirus OC43
Florence Maurier
,
Delphine Beury
,
Léa Fléchon
,
Jean-Stéphane Varré
,
Hélène Touzet
et al.
Article dans une revue
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Tn-phyto: essential genomes of nine bacterial phytopathogens
Julie Baltenneck
,
Ben Moussa
,
Loïc Couderc
,
Areski Flissi
,
Jacques Pédron
et al.
4. International Ewinia workshop (IEW) , Jul 2022, Assise, Italy
Poster de conférence
hal-03721522v1
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