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189 Résultats

Finding and analysing microRNAs in plant genomes with miRkwood

Isabelle Guigon , Sylvain Legrand , Jean-Frédéric Berthelot , Mohcen Benmounah , Helene Touzet et al.
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-01247604v1
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Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis

Pierre Marijon , Jean-Stéphane Varré , Rayan Chikhi
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France.
Poster de conférence hal-01574824v1
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Back-translation for discovering distant protein homologies

Marta L. Gîrdea , Laurent Noé , Gregory Kucherov
the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120, ⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩
Communication dans un congrès inria-00448741v1
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Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs

Jean-Stéphane Varré
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
HDR tel-00832685v1
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Matrices score-position, algorithmes et propriétés

Aude Liefooghe
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00832725v1
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Norine: update of the nonribosomal peptide resource

Areski Flissi , Emma Ricart , Clémentine Campart , Mickael Chevalier , Yoann Dufresne et al.
Nucleic Acids Research, 2019, ⟨10.1093/nar/gkz1000⟩
Article dans une revue hal-02376009v1
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Sneak peek at the -tig sequences: useful sequences built from nucleic acid data

Camille Marchet
2022
Pré-publication, Document de travail hal-03768446v2
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Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?

Nicolas Guillaudeux , Catherine Belleannée , Samuel Blanquart , Jean-Stéphane Varré
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
Poster de conférence hal-02267357v1
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Chromosome-level genome assembly reveals homologous chromosomes and recombination in asexual rotifer Adineta vaga

Paul Simion , Jitendra Narayan , Antoine Houtain , Alessandro Derzelle , Lyam Baudry et al.
Science Advances , 2021, 7 (41), pp.eabg4216. ⟨10.1126/sciadv.abg4216⟩
Article dans une revue hal-03406292v1
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Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base

Yoann Dufresne , Juraj Michalik , Areski Flissi , Valérie Leclère , Maude Pupin et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Poster de conférence hal-01889117v1

Reconsidering the significance of genomic word frequencies.

Miklós Csűrös , Laurent Noé , Gregory Kucherov
Trends in Genetics, 2007, 23 (11), pp.543-6. ⟨10.1016/j.tig.2007.07.008⟩
Article dans une revue inria-00448737v1
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Compression et indexation de séquences annotées

Tatiana Rocher
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01758361v1
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Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems

Robert Giegerich , Hélène Touzet
Algorithms, 2014, 7, pp.62 - 144. ⟨10.3390/a7010062⟩
Article dans une revue hal-01084318v1
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Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN

Christophe Vroland
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01576433v1
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How to make teenage girls love coding ?

Tatiana Rocher , Maude Pupin , Philippe Marquet , Yann Secq
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
Communication dans un congrès hal-01552490v1
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Rearrangement problems with duplicated genomic markers

Antoine Thomas
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01067114v1

Dualities in Tree Representations

Rayan Chikhi , Alexander Schönhuth
2018
Pré-publication, Document de travail hal-01935566v1

LINGO-DL: a text-based approach for molecular similarity searching

Maude Pupin , Ammar Abdo
Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2021, 35 (5), pp.657-665. ⟨10.1007/s10822-021-00383-9⟩
Article dans une revue hal-03461046v1

Kendrick Mass Defect Approach Combined to NORINE Database for Molecular Formula Assignment of Nonribosomal Peptides

Mickael Chevalier , Emma Ricart , Emeline Hanozin , Maude Pupin , Philippe Jacques et al.
Journal of The American Society for Mass Spectrometry, 2019, 30 (12), pp.2608-2616. ⟨10.1007/s13361-019-02314-3⟩
Article dans une revue hal-02417587v1
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Novel components at the periphery of long read genome assembly tools

Pierre Marijon
Computer Science [cs]. University of Lille, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-02441360v1
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The molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth

Mathieu Groussin , Bastien Boussau , Sandrine Charles , Samuel Blanquart , Manolo Gouy et al.
Biology Letters, 2013, 9 (5), pp.20130608. ⟨10.1098/rsbl.2013.0608⟩
Article dans une revue hal-00918283v1

Genome Dedoubling by DCJ and Reversal

Antoine Thomas , Jean-Stéphane Varré , Ouangraoua Aïda
BMC Bioinformatics, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
Article dans une revue inria-00635003v1
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Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle

Yoann Dufresne , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Laurent Noé , Maude Pupin et al.
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
Communication dans un congrès hal-00843827v1
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Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux

Ségolène Caboche
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00823447v1
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Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations

Marta Gîrdea , Laurent Noé , Gregory Kucherov
Algorithms for Molecular Biology, 2010, 5 (1), pp.6. ⟨10.1186/1748-7188-5-6⟩
Article dans une revue hal-00784444v1

Does hybridization increase evolutionary rate? Data from the 28S-rDNA D8 domain in echinoderms.

Anne Chenuil , Emilie Egea , Caroline Rocher , Hélène Touzet , Jean-Pierre Féral et al.
Journal of Molecular Evolution, 2008, 67 (5), pp.539-50. ⟨10.1007/s00239-008-9171-8⟩
Article dans une revue istex hal-00824034v1
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Burkholderia genome mining for nonribosomal peptide synthetases reveals a great potential for novel siderophores and lipopeptides synthesis

Qassim Esmaeel , Maude Pupin , Nam Phuong Kieu , Gabrielle Chataigné , Max Béchet et al.
MicrobiologyOpen, 2016, 5 (3), pp.512 - 526. ⟨10.1002/mbo3.347⟩
Article dans une revue hal-01398944v1
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Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software

Alexander Sczyrba , Peter Hofmann , Peter Belmann , David Koslicki , Stefan Janssen et al.
Nature Methods, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
Article dans une revue hal-01633525v1
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A complete protocol for whole-genome sequencing of virus from clinical samples: Application to coronavirus OC43

Florence Maurier , Delphine Beury , Léa Fléchon , Jean-Stéphane Varré , Hélène Touzet et al.
Virology, 2019, 531, pp.141-148. ⟨10.1016/j.virol.2019.03.006⟩
Article dans une revue hal-02167880v1
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Tn-phyto: essential genomes of nine bacterial phytopathogens

Julie Baltenneck , Ben Moussa , Loïc Couderc , Areski Flissi , Jacques Pédron et al.
4. International Ewinia workshop (IEW), Jul 2022, Assise, Italy
Poster de conférence hal-03721522v1