BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Julien Allali
,
Cédric Saule
,
Cedric Chauve
,
Yves d'Aubenton-Carafa
,
Alain Denise
et al.
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Read indexing
Nicolas Philippe
,
Mikael Salson
,
Thierry Lecroq
,
Martine Léonard
,
Thérèse Commes
et al.
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A combinatorial and integrated method to analyse RNA-seq reads
Nicolas Philippe
,
Mikael Salson
,
Thérèse Commes
,
Eric Rivals
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Les séquenceurs à haut débit
Mathieu Giraud
,
Mikaël Salson
Interstices , 2011
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Prediction and pattern matching algorithms for RNA multi-structures
Azadeh Saffarian
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2011. English.
⟨NNT : ⟩
Thèse
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RNAspace.org: An integrated environment for the prediction, annotation, and analysis of ncRNA.
Marie-Josée Cros
,
Antoine de Monte
,
Jérôme J. Mariette
,
Philippe Bardou
,
Benjamin Grenier-Boley
et al.
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biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics
Jean-Frédéric Berthelot
,
Charles Deltel
,
Mathieu Giraud
,
Stéphane Janot
,
Laetitia Jourdan
et al.
JOBIM 2011 , Jul 2011, Paris, France
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Querying Large Read Collections in Main Memory: A Versatile data Structure
Nicolas Philippe
,
Mikael Salson
,
Thierry Lecroq
,
Martine Léonard
,
Thérèse Commes
et al.
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Subset seed extension to Protein BLAST
Anna Gambin
,
Slawomir Lasota
,
Michal Startek
,
Maciej Sykulski
,
Laurent Noé
et al.
Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms , Jan 2011, Rome, Italy. pp.149-158,
⟨10.5220/0003147601490158⟩
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Genome Dedoubling by DCJ and Reversal
Antoine Thomas
,
Jean-Stéphane Varré
,
Ouangraoua Aïda
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Mitochondrial genes support a common origin of rodent malaria parasites and Plasmodium falciparum's relatives infecting great apes
Samuel Blanquart
,
Olivier Gascuel
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Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
Mathieu Giraud
,
Stéphane Janot
,
Jean-Frédéric Berthelot
,
Charles Deltel
,
Laetitia Jourdan
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Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011) , 2011, Vienne, Austria
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Structural and content diversity of mitochondrial genome in beet: a comparative genomic analysis
Aude Darracq
,
Jean-Stéphane Varré
,
Laurence Maréchal-Drouard
,
Adeline Courseaux
,
Vincent Castric
et al.
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Bit-Parallel Multiple Pattern Matching
Tuan Tu Tran
,
Mathieu Giraud
,
Jean-Stéphane Varré
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11) , 2011, Torun, Poland
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Manycore high-performance computing in bioinformatics
Jean-Stéphane Varré
,
Bertil Schmidt
,
Stéphane Janot
,
Mathieu Giraud
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery , World Scientific, chapter 8, 2011
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Parallel Position Weight Matrices Algorithms
Mathieu Giraud
,
Jean-Stéphane Varré
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Diversity of monomers in nonribosomal peptides: towards the prediction of origin and biological activity.
Ségolène Caboche
,
Valérie Leclère
,
Maude Pupin
,
Gregory Kucherov
,
Philippe Jacques
et al.
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Seed design framework for mapping SOLiD reads
Laurent Noé
,
Marta L. Gîrdea
,
Gregory Kucherov
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Évolution des génomes mitochondriaux de plantes : approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris
Aude Darracq
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. Français.
⟨NNT : ⟩
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Computational and experimental evidence for the evolution of a (beta alpha)8-barrel protein from an ancestral quarter-barrel stabilised by disulfide bonds.
Markus Richter
,
Manal Bosnali
,
Linn Carstensen
,
Tobias Seitz
,
Helmut Durchschlag
et al.
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TFM-Explorer: mining cis-regulatory regions in genomes
Tonon Laurie
,
Hélène Touzet
,
Jean-Stéphane Varré
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Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations
Marta Gîrdea
,
Laurent Noé
,
Gregory Kucherov
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Designing Efficient Spaced Seeds for SOLiD Read Mapping.
Laurent Noé
,
Marta Gîrdea
,
Gregory Kucherov
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A scenario of mitochondrial genome evolution in maize based on rearrangement events
Aude Darracq
,
Jean-Stéphane Varré
,
Pascal Touzet
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Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux
Ségolène Caboche
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français.
⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00823447v1
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Back-translation for discovering distant protein homologies
Marta L. Gîrdea
,
Laurent Noé
,
Gregory Kucherov
the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI) , Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120,
⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩
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Improved Sensitivity And Reliability Of Anchor Based Genome Alignment
Raluca Uricaru
,
Célia Michotey
,
Laurent Noé
,
Hélène Chiapello
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Eric Rivals
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JOBIM'09 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques , Jun 2009, Nantes, France. pp.31-36
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Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants
Arnaud Fontaine
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français.
⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00401991v2
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Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis
Arnaud Fontaine
,
Hélène Touzet
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Structural pattern matching of nonribosomal peptides.
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,
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