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189 Résultats

BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms

Julien Allali , Cédric Saule , Cedric Chauve , Yves d'Aubenton-Carafa , Alain Denise et al.
Advances in Bioinformatics, 2012, 2012, pp.1-5. ⟨10.1155/2012/893048⟩
Article dans une revue hal-00647725v1
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Read indexing

Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Léonard , Thérèse Commes et al.
EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.289⟩
Article dans une revue lirmm-00757983v1
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A combinatorial and integrated method to analyse RNA-seq reads

Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thérèse Commes , Eric Rivals
EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.290⟩
Article dans une revue lirmm-00757979v1

Les séquenceurs à haut débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson
Interstices, 2011
Article dans une revue hal-01350176v1
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Prediction and pattern matching algorithms for RNA multi-structures

Azadeh Saffarian
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2011. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00832700v1
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RNAspace.org: An integrated environment for the prediction, annotation, and analysis of ncRNA.

Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Benjamin Grenier-Boley et al.
RNA, 2011, 17 (11), pp.1947-56. ⟨10.1261/rna.2844911⟩
Article dans une revue hal-00639174v1

biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics

Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Laetitia Jourdan et al.
JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00637847v1
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Querying Large Read Collections in Main Memory: A Versatile data Structure

Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thierry Lecroq , Martine Léonard , Thérèse Commes et al.
BMC Bioinformatics, 2011, 12, pp.242-258. ⟨10.1186/1471-2105-12-242⟩
Article dans une revue lirmm-00632958v1

Subset seed extension to Protein BLAST

Anna Gambin , Slawomir Lasota , Michal Startek , Maciej Sykulski , Laurent Noé et al.
Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. pp.149-158, ⟨10.5220/0003147601490158⟩
Communication dans un congrès inria-00609791v1

Genome Dedoubling by DCJ and Reversal

Antoine Thomas , Jean-Stéphane Varré , Ouangraoua Aïda
BMC Bioinformatics, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
Article dans une revue inria-00635003v1
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Mitochondrial genes support a common origin of rodent malaria parasites and Plasmodium falciparum's relatives infecting great apes

Samuel Blanquart , Olivier Gascuel
BMC Evolutionary Biology, 2011, 11 (1), pp.70. ⟨10.1186/1471-2148-11-70⟩
Article dans une revue hal-00784426v1
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Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics

Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Laetitia Jourdan et al.
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
Communication dans un congrès inria-00623390v1

Structural and content diversity of mitochondrial genome in beet: a comparative genomic analysis

Aude Darracq , Jean-Stéphane Varré , Laurence Maréchal-Drouard , Adeline Courseaux , Vincent Castric et al.
Genome Biology and Evolution, 2011, 3, pp.723-736. ⟨10.1093/gbe/evr042⟩
Article dans une revue hal-00616508v1
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Bit-Parallel Multiple Pattern Matching

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland
Communication dans un congrès inria-00637227v1
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Manycore high-performance computing in bioinformatics

Jean-Stéphane Varré , Bertil Schmidt , Stéphane Janot , Mathieu Giraud
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
Chapitre d'ouvrage hal-00563408v1
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Parallel Position Weight Matrices Algorithms

Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Computing, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩
Article dans une revue hal-00623404v1
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Diversity of monomers in nonribosomal peptides: towards the prediction of origin and biological activity.

Ségolène Caboche , Valérie Leclère , Maude Pupin , Gregory Kucherov , Philippe Jacques et al.
Journal of Bacteriology, 2010, 192 (19), pp.5143-50. ⟨10.1128/JB.00315-10⟩
Article dans une revue hal-00641488v1
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Seed design framework for mapping SOLiD reads

Laurent Noé , Marta L. Gîrdea , Gregory Kucherov
RECOMB, Aug 2010, Lisbon, Portugal. pp.384-396, ⟨10.1007/978-3-642-12683-3_25⟩
Communication dans un congrès inria-00484642v1
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Évolution des génomes mitochondriaux de plantes : approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris

Aude Darracq
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00833144v1

Computational and experimental evidence for the evolution of a (beta alpha)8-barrel protein from an ancestral quarter-barrel stabilised by disulfide bonds.

Markus Richter , Manal Bosnali , Linn Carstensen , Tobias Seitz , Helmut Durchschlag et al.
Journal of Molecular Biology, 2010, 398 (5), pp.763-73. ⟨10.1016/j.jmb.2010.03.057⟩
Article dans une revue hal-00755666v1

TFM-Explorer: mining cis-regulatory regions in genomes

Tonon Laurie , Hélène Touzet , Jean-Stéphane Varré
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (S2), pp.W286-W292. ⟨10.1093/nar/gkq473⟩
Article dans une revue hal-00823465v1
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Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations

Marta Gîrdea , Laurent Noé , Gregory Kucherov
Algorithms for Molecular Biology, 2010, 5 (1), pp.6. ⟨10.1186/1748-7188-5-6⟩
Article dans une revue hal-00784444v1

Designing Efficient Spaced Seeds for SOLiD Read Mapping.

Laurent Noé , Marta Gîrdea , Gregory Kucherov
Advances in Bioinformatics, 2010, ⟨10.1155/2010/708501⟩
Article dans une revue inria-00527029v1

A scenario of mitochondrial genome evolution in maize based on rearrangement events

Aude Darracq , Jean-Stéphane Varré , Pascal Touzet
BMC Genomics, 2010, 11, pp.233. ⟨10.1186/1471-2164-11-233⟩
Article dans une revue hal-00468454v1
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Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux

Ségolène Caboche
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00823447v1
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Back-translation for discovering distant protein homologies

Marta L. Gîrdea , Laurent Noé , Gregory Kucherov
the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120, ⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩
Communication dans un congrès inria-00448741v1
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Improved Sensitivity And Reliability Of Anchor Based Genome Alignment

Raluca Uricaru , Célia Michotey , Laurent Noé , Hélène Chiapello , Eric Rivals et al.
JOBIM'09 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.31-36
Communication dans un congrès lirmm-00407215v1
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Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants

Arnaud Fontaine
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00401991v2

Computational identification of protein-coding sequences by comparative analysis

Arnaud Fontaine , Hélène Touzet
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, 2009, 3 (2), pp.160-76. ⟨10.1504/ijdmb.2009.024849⟩
Article dans une revue hal-00823601v1
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Structural pattern matching of nonribosomal peptides.

Ségolène Caboche , Maude Pupin , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Gregory Kucherov et al.
BMC Structural Biology, 2009, 9 (15), ⟨10.1186/1472-6807-9-15⟩
Article dans une revue hal-00641486v1