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189 Résultats

SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation

Evguenia Kopylova , Laurent Noé , Pierre Pericard , Mikaël Salson , Hélène Touzet et al.
Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-01094011v1
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Rearrangement problems with duplicated genomic markers

Antoine Thomas
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01067114v1

Improved search heuristics find 20 000 new alignments between human and mouse genomes.

Martin Frith , Laurent Noé
Nucleic Acids Research, 2014, 42 (7), pp.e59. ⟨10.1093/nar/gku104⟩
Article dans une revue hal-00958207v1
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Prediction of Monomer Isomery in Florine: A Workflow Dedicated to Nonribosomal Peptide Discovery

Thibault Caradec , Maude Pupin , Aurélien Vanvlassenbroeck , Marie-Dominique Devignes , Malika Smaïl-Tabbone et al.
PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e85667. ⟨10.1371/journal.pone.0085667⟩
Article dans une revue hal-01090619v1
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Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network

Ammar Abdo , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Naomie Salim , Maude Pupin et al.
Journal of Chemical Information and Modeling, 2014, 54 (1), pp.30-36. ⟨10.1021/ci4004909⟩
Article dans une revue hal-01090611v1
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Evidence for the Existence of Elaborate Enzyme Complexes in the Paleoarchean Era

Bernd Reisinger , Josef Sperl , Alexandra Holinski , Veronika Schmid , Chitra Rajendran et al.
Journal of the American Chemical Society, 2014, pp.122-9. ⟨10.1021/ja4115677⟩
Article dans une revue hal-00924047v1
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Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems

Robert Giegerich , Hélène Touzet
Algorithms, 2014, 7, pp.62 - 144. ⟨10.3390/a7010062⟩
Article dans une revue hal-01084318v1

Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)

Nathalie Grardel , Mikaël Salson , Aurélie Caillault , Marc Duez , Céline Villenet et al.
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01100152v1

Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis

Nathalie Grardel , Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez
American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. , 2014
Poster de conférence hal-01100290v1
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Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Céline Villenet , Sabine Quief et al.
BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩
Article dans une revue hal-01009173v1
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New algorithmic and bioinformatic approaches for the analysis of data from high throughput sequencing

Evguenia Kopylova
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00919185v2
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Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases

Maude Pupin
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013
HDR tel-00918918v1
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The molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth

Mathieu Groussin , Bastien Boussau , Sandrine Charles , Samuel Blanquart , Manolo Gouy et al.
Biology Letters, 2013, 9 (5), pp.20130608. ⟨10.1098/rsbl.2013.0608⟩
Article dans une revue hal-00918283v1
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Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle

Yoann Dufresne , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Laurent Noé , Maude Pupin et al.
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
Communication dans un congrès hal-00843827v1

Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Jean-Stéphane Varré , Céline Villenet et al.
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-00857581v1
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Algebraic Dynamic Programming 2.0

Robert Giegerich , Hélène Touzet
Workshop Haskell-Treffen an der Universität Leipzig, Jun 2013, Leipzig, Germany
Communication dans un congrès hal-00857801v1
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CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads

Nicolas Philippe , Mikaël Salson , Thérèse Commes , Eric Rivals
Genome Biology, 2013, 14 (3), pp.R30. ⟨10.1186/gb-2013-14-3-r30⟩
Article dans une revue inserm-00850972v1
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Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche

Antoine Rousseau , Aurélie Darnaud , Brice Goglin , Céline Acharian , Christine Leininger et al.
[Interne] Inria. 2013, pp.34
Rapport hal-00804915v1
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Bioinformatics Sequence Comparisons on Manycore Processors

Tuan Tu Tran
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2012. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00832663v1
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SortMeRNA: Fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data.

Evguenia Kopylova , Laurent Noé , Héléne Touzet
Bioinformatics, 2012, 28 (24), pp.3211-3217. ⟨10.1093/bioinformatics/bts611⟩
Article dans une revue hal-00748990v1
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A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity.

Ammar Hasan Abdo , Ségolène Caboche , Valérie Leclère , Philippe Jacques , Maude Pupin et al.
Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2012, 26 (10), pp.1187-94. ⟨10.1007/s10822-012-9608-4⟩
Article dans une revue hal-00750002v1
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Tandem Halving Problems by DCJ

Antoine Thomas , Aïda Ouangraoua , Jean-Stéphane Varré
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
Communication dans un congrès hal-00749019v1
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Structure, biosynthesis, and properties of kurstakins, nonribosomal lipopeptides from Bacillus spp.

Max Béchet , Thibault Caradec , Walaa Hussein , Ahmed Abderrahmani , Marlène Chollet et al.
Applied Microbiology and Biotechnology, 2012, 95 (3), pp.593-600. ⟨10.1007/s00253-012-4181-2⟩
Article dans une revue hal-00749819v1

SortMeRNA: a new software to filter total RNA for metatranscriptomic or RNA analysis

Evguenia Kopylova , Laurent Noé , Helene Touzet
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2012, Jul 2012, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-00763792v1
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NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases

Maude Pupin , Malika Smaïl-Tabbone , Philippe Jacques , Marie-Dominique Devignes , Valérie Leclère et al.
Journées Ouvertes en Biologie, l'Informatique et les Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.89-93
Communication dans un congrès hal-00734312v1
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A Scalable Indexing Solution to Mine Huge Genomic Sequence Collections

Eric Rivals , Nicolas Philippe , Mikael Salson , Martine Léonard , Thérèse Commes et al.
ERCIM News, 2012, 2012 (89), pp.20-21
Article dans une revue lirmm-00712653v1
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On the number of elements to reorder when updating a suffix array

Martine Léonard , Laurent Mouchard , Mikaël Salson
Journal of Discrete Algorithms, 2012, 11, pp.87-99. ⟨10.1016/j.jda.2011.01.002⟩
Article dans une revue inria-00636066v1
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Genome Halving by Block Interchange

Antoine Thomas , Aïda Ouangraoua , Jean-Stéphane Varré
BIOINFORMATICS, Feb 2012, Lisboa, Portugal. pp.58-65
Communication dans un congrès hal-00749026v1
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RNA Locally Optimal Secondary Structures

Azadeh Saffarian , Mathieu Giraud , Antoine de Monte , Hélène Touzet
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩
Article dans une revue hal-00756249v1

Efficient alternatives to PSI-BLAST

Michal Startek , Slawomir Lasota , Maciej Sykulski , Adam Bulak , Laurent Noé et al.
Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Technical Sciences, 2012, 60 (3), pp.495-505. ⟨10.2478/v10175-012-0063-0⟩
Article dans une revue hal-00749016v1