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SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation
Evguenia Kopylova
,
Laurent Noé
,
Pierre Pericard
,
Mikaël Salson
,
Hélène Touzet
et al.
Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
Communication dans un congrès
hal-01094011v1
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Rearrangement problems with duplicated genomic markers
Antoine Thomas
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-01067114v1
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Improved search heuristics find 20 000 new alignments between human and mouse genomes.
Martin Frith
,
Laurent Noé
Article dans une revue
hal-00958207v1
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Prediction of Monomer Isomery in Florine: A Workflow Dedicated to Nonribosomal Peptide Discovery
Thibault Caradec
,
Maude Pupin
,
Aurélien Vanvlassenbroeck
,
Marie-Dominique Devignes
,
Malika Smaïl-Tabbone
et al.
Article dans une revue
hal-01090619v1
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Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network
Ammar Abdo
,
Valérie Leclère
,
Philippe Jacques
,
Naomie Salim
,
Maude Pupin
et al.
Article dans une revue
hal-01090611v1
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Evidence for the Existence of Elaborate Enzyme Complexes in the Paleoarchean Era
Bernd Reisinger
,
Josef Sperl
,
Alexandra Holinski
,
Veronika Schmid
,
Chitra Rajendran
et al.
Article dans une revue
hal-00924047v1
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Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems
Robert Giegerich
,
Hélène Touzet
Article dans une revue
hal-01084318v1
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Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
Nathalie Grardel
,
Mikaël Salson
,
Aurélie Caillault
,
Marc Duez
,
Céline Villenet
et al.
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-01100152v1
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Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis
Nathalie Grardel
,
Mathieu Giraud
,
Mikaël Salson
,
Marc Duez
American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. , 2014
Poster de conférence
hal-01100290v1
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Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing
Mathieu Giraud
,
Mikaël Salson
,
Marc Duez
,
Céline Villenet
,
Sabine Quief
et al.
Article dans une revue
hal-01009173v1
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New algorithmic and bioinformatic approaches for the analysis of data from high throughput sequencing
Evguenia Kopylova
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00919185v2
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Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases
Maude Pupin
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013
HDR
tel-00918918v1
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The molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth
Mathieu Groussin
,
Bastien Boussau
,
Sandrine Charles
,
Samuel Blanquart
,
Manolo Gouy
et al.
Article dans une revue
hal-00918283v1
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Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
Yoann Dufresne
,
Valérie Leclère
,
Philippe Jacques
,
Laurent Noé
,
Maude Pupin
et al.
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
Communication dans un congrès
hal-00843827v1
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Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit
Mathieu Giraud
,
Mikaël Salson
,
Marc Duez
,
Jean-Stéphane Varré
,
Céline Villenet
et al.
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès
hal-00857581v1
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Algebraic Dynamic Programming 2.0
Robert Giegerich
,
Hélène Touzet
Workshop Haskell-Treffen an der Universität Leipzig, Jun 2013, Leipzig, Germany
Communication dans un congrès
hal-00857801v1
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CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads
Nicolas Philippe
,
Mikaël Salson
,
Thérèse Commes
,
Eric Rivals
Article dans une revue
inserm-00850972v1
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Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
Antoine Rousseau
,
Aurélie Darnaud
,
Brice Goglin
,
Céline Acharian
,
Christine Leininger
et al.
[Interne] Inria. 2013, pp.34
Rapport
hal-00804915v1
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Bioinformatics Sequence Comparisons on Manycore Processors
Tuan Tu Tran
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2012. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-00832663v1
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SortMeRNA: Fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data.
Evguenia Kopylova
,
Laurent Noé
,
Héléne Touzet
Article dans une revue
hal-00748990v1
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A new fingerprint to predict nonribosomal peptides activity.
Ammar Hasan Abdo
,
Ségolène Caboche
,
Valérie Leclère
,
Philippe Jacques
,
Maude Pupin
et al.
Article dans une revue
hal-00750002v1
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Tandem Halving Problems by DCJ
Antoine Thomas
,
Aïda Ouangraoua
,
Jean-Stéphane Varré
Communication dans un congrès
hal-00749019v1
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Structure, biosynthesis, and properties of kurstakins, nonribosomal lipopeptides from Bacillus spp.
Max Béchet
,
Thibault Caradec
,
Walaa Hussein
,
Ahmed Abderrahmani
,
Marlène Chollet
et al.
Article dans une revue
hal-00749819v1
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SortMeRNA: a new software to filter total RNA for metatranscriptomic or RNA analysis
Evguenia Kopylova
,
Laurent Noé
,
Helene Touzet
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2012, Jul 2012, Rennes, France
Communication dans un congrès
hal-00763792v1
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NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases
Maude Pupin
,
Malika Smaïl-Tabbone
,
Philippe Jacques
,
Marie-Dominique Devignes
,
Valérie Leclère
et al.
Journées Ouvertes en Biologie, l'Informatique et les Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.89-93
Communication dans un congrès
hal-00734312v1
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A Scalable Indexing Solution to Mine Huge Genomic Sequence Collections
Eric Rivals
,
Nicolas Philippe
,
Mikael Salson
,
Martine Léonard
,
Thérèse Commes
et al.
ERCIM News, 2012, 2012 (89), pp.20-21
Article dans une revue
lirmm-00712653v1
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On the number of elements to reorder when updating a suffix array
Martine Léonard
,
Laurent Mouchard
,
Mikaël Salson
Article dans une revue
inria-00636066v1
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Genome Halving by Block Interchange
Antoine Thomas
,
Aïda Ouangraoua
,
Jean-Stéphane Varré
BIOINFORMATICS, Feb 2012, Lisboa, Portugal. pp.58-65
Communication dans un congrès
hal-00749026v1
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RNA Locally Optimal Secondary Structures
Azadeh Saffarian
,
Mathieu Giraud
,
Antoine de Monte
,
Hélène Touzet
Article dans une revue
hal-00756249v1
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Efficient alternatives to PSI-BLAST
Michal Startek
,
Slawomir Lasota
,
Maciej Sykulski
,
Adam Bulak
,
Laurent Noé
et al.
Article dans une revue
hal-00749016v1
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