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189 Résultats
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Indexing labeled sequences

Tatiana Rocher , Mathieu Giraud , Mikaël Salson
PeerJ Computer Science, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
Article dans une revue hal-01743104v1
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Computational pan-genomics: status, promises and challenges

Tobias Marschall , Manja Marz , Thomas Abeel , Louis Dijkstra , Bas E. Dutilh et al.
Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
Article dans une revue hal-01390478v1
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DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition

Jérôme Audoux , Nicolas Philippe , Rayan Chikhi , Mikael Salson , Mélina Gallopin et al.
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1372-2⟩
Article dans une revue hal-01728770v1

RecoverY: k-mer-based read classification for Y-chromosome-specific sequencing and assembly

Samarth Rangavittal , Robert Harris , Monika Cechova , Marta Tomaszkiewicz , Rayan Chikhi et al.
Article dans une revue hal-01729744v1
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Algorithmes pour la reconstruction de séquences de marqueurs conservés dans des données de métagénomique

Pierre Pericard
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LIL10084⟩
Thèse tel-01738687v2
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MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes

Pierre Pericard , Yoann Dufresne , Loïc Couderc , Samuel Blanquart , Hélène Touzet et al.
Article dans une revue hal-01646297v1
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Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software

Alexander Sczyrba , Peter Hofmann , Peter Belmann , David Koslicki , Stefan Janssen et al.
Nature Methods, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
Article dans une revue hal-01633525v1
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SimBA: A methodology and tools for evaluating the performance of RNA-Seq bioinformatic pipelines

Jérôme Audoux , Mikaël Salson , Christophe Grosset , Sacha Beaumeunier , Jean-Marc Holder et al.
BMC Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.428. ⟨10.1186/s12859-017-1831-5⟩
Article dans une revue inserm-02437931v1
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How to make teenage girls love coding ?

Tatiana Rocher , Maude Pupin , Philippe Marquet , Yann Secq
womENcourage2017 - 4th ACM Europe Celebration of Women in Computing, ACM, Sep 2017, Barcelona, Spain
Communication dans un congrès hal-01552490v1
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Efficient approximations of RNA kinetics landscape using non-redundant sampling

Juraj Michálik , Hélène Touzet , Yann Ponty
ISMB/ECCB - 25th Annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology/16th European Conference on Computational Biology - 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.i283 - i292, ⟨10.1093/bioinformatics/btx269⟩
Communication dans un congrès hal-01500115v1
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Norine, Florine, s2m : powerful bioinformatics resource and tools for the discovery of novel nonribosomal peptides, natural metabolites with versatile activities

Qassim Esmaeel , Yoann Dufresne , Areski Flissi , Maude Pupin , Philippe Jacques et al.
FEMS 2017 - 7th congress of Federation of European Microbiology societies, Jul 2017, Valencia, Spain
Poster de conférence hal-01888999v1
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Data updates on Norine, the reference Non-Ribosomal Peptide knowledge base

Yoann Dufresne , Juraj Michalik , Areski Flissi , Valérie Leclère , Maude Pupin et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Poster de conférence hal-01889117v1
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Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis

Pierre Marijon , Jean-Stéphane Varré , Rayan Chikhi
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France.
Poster de conférence hal-01574824v1
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Reconstruction of full-length 16S rRNA sequences for taxonomic assignment in metagenomics

Pierre Pericard , Yoann Dufresne , Samuel Blanquart , Hélène Touzet
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Communication dans un congrès hal-01574629v1
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DiNAMO: Exact method for degenerate IUPAC motifs discovery, characterization of sequence-specific errors

Chadi Saad , Laurent Noé , Hugues Richard , Julie Leclerc , Marie-Pierre Buisine et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Communication dans un congrès hal-01574630v1
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Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets

Antoine Limasset , Guillaume Rizk , Rayan Chikhi , Pierre Peterlongo
16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
Communication dans un congrès hal-01566246v1
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How to make teenage girls love coding using Python and the visual arts orienting language Processing ?

Maude Pupin , Philippe Marquet , Yann Secq
PyParis2017, Systematic Paris Region, Jun 2017, Paris, La Défense, France
Communication dans un congrès hal-01552487v1

Nonribosomal peptides and polyketides of Burkholderia: new compounds potentially implicated in biocontrol and pharmaceuticals

Qassim Esmaeel , Maude Pupin , Philippe Jacques , Valérie Leclère
Environmental Science and Pollution Research, 2017, ⟨10.1007/s11356-017-9166-3⟩
Article dans une revue hal-01548616v1
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AllSome Sequence Bloom Trees

Chen Sun , Robert S. Harris , Rayan Chikhi , Paul Medvedev
RECOMB 2017 - 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, May 2017, Hong Kong, China. ⟨10.1007/978-3-319-56970-3_17⟩
Communication dans un congrès hal-01575350v1

High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.

Anton W Langerak , Monika Brüggemann , Frédéric Davi , Nikos Darzentas , Jacques J M van Dongen et al.
Journal of Immunology, 2017, pp.1602050. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩
Article dans une revue hal-01516289v1
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Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée

Léa Siegwald
Médecine humaine et pathologie. Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LIL2S006⟩
Thèse tel-01575747v2

Best hits of 11110110111: model-free selection and parameter-free sensitivity calculation of spaced seeds

Laurent Noé
Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12 (1), ⟨10.1186/s13015-017-0092-1⟩
Article dans une revue hal-01467970v1

Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states

Donald E. K. Martin , Laurent Noé
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, 2017, 69 (1), pp.231--248. ⟨10.1007/s10463-015-0540-y⟩
Article dans une revue hal-01237045v1
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Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics

Léa Siegwald , Hélène Touzet , Yves Lemoine , David Hot , Christophe Audebert et al.
PLoS ONE, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
Article dans une revue hal-01575755v1
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High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones

Mikael Salson , Mathieu Giraud , Aurélie Caillault , Nathalie Grardel , Nicolas Duployez et al.
Leukemia Research, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩
Article dans une revue hal-01404817v1
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Efficient dynamic range minimum query

Alice Héliou , Martine Léonard , Laurent Mouchard , Mikael Salson
Theoretical Computer Science, 2016, 656, pp.108-117. ⟨10.1016/j.tcs.2016.07.002⟩
Article dans une revue hal-01255499v2
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Algorithmique pour l’annotation automatique de peptides non ribosomiques

Yoann Dufresne
Bio-informatique [q-bio.QM]. Lille1, 2016. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01563992v1
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Vidjil: A Web Platform for Analysis of High-Throughput Repertoire Sequencing

Marc Duez , Mathieu Giraud , Ryan Herbert , Tatiana Rocher , Mikael Salson et al.
PLoS ONE, 2016, 11 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0166126⟩
Article dans une revue hal-01397079v1

Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory

Rayan Chikhi , Antoine Limasset , Paul Medvedev
Bioinformatics, 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
Article dans une revue hal-01395704v1
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Indexer un ensemble de séquences ADN annotées

Tatiana Rocher , Mathieu Giraud , Mikael Salson
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-01576319v1