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189 Résultats
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Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN

Christophe Vroland
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Lille 1 Sciences et technologies, 2016. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01576433v1
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Lossless seeds for searching short patterns with high error rates

Christophe Vroland , Mikaël Salson , Hélène Touzet
International Workshop On Combinatorial Algorithms, Oct 2014, Duluth, United States
Communication dans un congrès hal-01079840v1
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Approximate search of short patterns with high error rates using the 01⁎0 lossless seeds

Christophe Vroland , Mikael Salson , Sébastien Bini , Hélène Touzet
Journal of Discrete Algorithms, 2016, 37, pp.3-16. ⟨10.1016/j.jda.2016.03.002⟩
Article dans une revue hal-01360485v1
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One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia

Patrick Villarese , Chrystelle Abdo , Matthieu Bertrand , Florian Thonier , Mathieu Giraud et al.
Anton W. Langerak. Immunogenetics. Methods and Protocols, 2453, Springer, pp.43-59, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_3⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03684695v1
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Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs

Jean-Stéphane Varré
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
HDR tel-00832685v1
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Complete Sequence, Multichromosomal Architecture and Transcriptome Analysis of the Solanum tuberosum Mitochondrial Genome

Jean-Stéphane Varré , Nunzio d'Agostino , Pascal Touzet , Sophie Gallina , Rachele Tamburino et al.
International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20, ⟨10.3390/ijms20194788⟩
Article dans une revue hal-02298474v1
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Manycore high-performance computing in bioinformatics

Jean-Stéphane Varré , Bertil Schmidt , Stéphane Janot , Mathieu Giraud
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
Chapitre d'ouvrage hal-00563408v1
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Improved Sensitivity And Reliability Of Anchor Based Genome Alignment

Raluca Uricaru , Célia Michotey , Laurent Noé , Hélène Chiapello , Eric Rivals et al.
JOBIM'09 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.31-36
Communication dans un congrès lirmm-00407215v1

Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
Communication dans un congrès hal-01153893v1
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Bioinformatics Sequence Comparisons on Manycore Processors

Tuan Tu Tran
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2012. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00832663v1
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Bit-Parallel Multiple Pattern Matching

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland
Communication dans un congrès inria-00637227v1
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Décoder le génome : vers la compréhension du fonctionnement du SARS-CoV-2

Hélène Touzet , Mikaël Salson , Claire Lemaitre
Interstices, 2022
Article dans une revue hal-03750389v1

Algorithms for bioinformatics

Hélène Touzet
Mihai Pop; Hélène Touzet. WABI, Sep 2015, Atlanta, United States. 9289, Springer Verlag, 2015, 15th International Workshop, WABI 2015, Atlanta, GA, USA, September 10-12, 2015, Proceedings, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6⟩
Proceedings/Recueil des communications hal-01228138v1
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On the Levenshtein Automaton and the Size of the Neighborhood of a Word

Hélène Touzet
LATA 2016 - 10th International Conference on Language and Automata Theory and Applications, Mar 2016, Prague, Czech Republic. pp.207-218, ⟨10.1007/978-3-319-30000-9_16⟩
Communication dans un congrès hal-01360482v1

A time- and cost-effective strategy to sequence mammalian Y Chromosomes: an application to the de novo assembly of gorilla Y

Marta Tomaszkiewicz , Samarth Rangavittal , Monika Cechova , Rebeca Campos Sanchez , Howard William Fescemyer et al.
Genome Research, 2016, 26 (4), pp.530 - 540. ⟨10.1101/gr.199448.115⟩
Article dans une revue hal-01395702v1
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Rearrangement problems with duplicated genomic markers

Antoine Thomas
Data Structures and Algorithms [cs.DS]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01067114v1

Genome Dedoubling by DCJ and Reversal

Antoine Thomas , Jean-Stéphane Varré , Ouangraoua Aïda
BMC Bioinformatics, 2011, 12 (Supplement 9), ⟨10.1186/1471-2105-12-S9-S20⟩
Article dans une revue inria-00635003v1
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Tandem Halving Problems by DCJ

Antoine Thomas , Aïda Ouangraoua , Jean-Stéphane Varré
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
Communication dans un congrès hal-00749019v1
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Genome Halving by Block Interchange

Antoine Thomas , Aïda Ouangraoua , Jean-Stéphane Varré
BIOINFORMATICS, Feb 2012, Lisboa, Portugal. pp.58-65
Communication dans un congrès hal-00749026v1
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AllSome Sequence Bloom Trees

Chen Sun , Robert S. Harris , Rayan Chikhi , Paul Medvedev
RECOMB 2017 - 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, May 2017, Hong Kong, China. ⟨10.1007/978-3-319-56970-3_17⟩
Communication dans un congrès hal-01575350v1

Efficient alternatives to PSI-BLAST

Michal Startek , Slawomir Lasota , Maciej Sykulski , Adam Bulak , Laurent Noé et al.
Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Technical Sciences, 2012, 60 (3), pp.495-505. ⟨10.2478/v10175-012-0063-0⟩
Article dans une revue hal-00749016v1
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Chromosome-level genome assembly reveals homologous chromosomes and recombination in asexual rotifer Adineta vaga

Paul Simion , Jitendra Narayan , Antoine Houtain , Alessandro Derzelle , Lyam Baudry et al.
Science Advances , 2021, 7 (41), pp.eabg4216. ⟨10.1126/sciadv.abg4216⟩
Article dans une revue hal-03406292v1
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Assessment of Common and Emerging Bioinformatics Pipelines for Targeted Metagenomics

Léa Siegwald , Hélène Touzet , Yves Lemoine , David Hot , Christophe Audebert et al.
PLoS ONE, 2017, 12 (1), pp.e0169563. ⟨10.1371/journal.pone.0169563⟩
Article dans une revue hal-01575755v1
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Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée

Léa Siegwald
Médecine humaine et pathologie. Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LIL2S006⟩
Thèse tel-01575747v2
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Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software

Alexander Sczyrba , Peter Hofmann , Peter Belmann , David Koslicki , Stefan Janssen et al.
Nature Methods, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
Article dans une revue hal-01633525v1

A dataset of sequences with manually curated V(D)J designations

Mikael Salson , Aurélie Caillault , Marc Duez , Yann Ferret , Alice Fievet et al.
2016
Autre publication scientifique hal-01331556v1
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High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones

Mikael Salson , Mathieu Giraud , Aurélie Caillault , Nathalie Grardel , Nicolas Duployez et al.
Leukemia Research, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩
Article dans une revue hal-01404817v1
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A survey of mapping algorithms in the long-reads era

Kristoffer Sahlin , Thomas Baudeau , Bastien Cazaux , Camille Marchet
2023
Pré-publication, Document de travail hal-03934299v1

Genome scaffolding with PE-contaminated mate-pair libraries

Kristoffer Sahlin , Rayan Chikhi , Lars Arvestad.
WABI 2015, 2015, Atlanta, United States. ⟨10.1101/025650⟩
Communication dans un congrès hal-01236176v1

Assembly scaffolding with PE-contaminated mate-pair libraries

Kristoffer Sahlin , Rayan Chikhi , Lars Arvestad
Bioinformatics, 2016, 32 (13), pp.1925 - 1932. ⟨10.1093/bioinformatics/btw064⟩
Article dans une revue hal-01396904v1