Recherche - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu

Filtrer vos résultats

189 Résultats

Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis

Nathalie Grardel , Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez
American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. , 2014
Poster de conférence hal-01100290v1

Sequence Indexing

Thierry Lecroq , Mikaël Salson
From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, 1, Wiley, 2022, 9781394169641. ⟨10.1002/9781394169641.ch2⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03788611v1
Image document

Lossless seeds for searching short patterns with high error rates

Christophe Vroland , Mikaël Salson , Hélène Touzet
International Workshop On Combinatorial Algorithms, Oct 2014, Duluth, United States
Communication dans un congrès hal-01079840v1
Image document

miRkwood: a tool for the reliable identification of microRNAs in plant genomes

Isabelle Guigon , Sylvain Legrand , Jean-Frédéric Berthelot , Sébastien Bini , Delphine Lanselle et al.
BMC Genomics, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s12864-019-5913-9⟩
Article dans une revue hal-02265367v1
Image document

Bit-Parallel Multiple Pattern Matching

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland
Communication dans un congrès inria-00637227v1
Image document

Approximate search of short patterns with high error rates using the 01⁎0 lossless seeds

Christophe Vroland , Mikael Salson , Sébastien Bini , Hélène Touzet
Journal of Discrete Algorithms, 2016, 37, pp.3-16. ⟨10.1016/j.jda.2016.03.002⟩
Article dans une revue hal-01360485v1
Image document

rBAN: retro-biosynthetic analysis of nonribosomal peptides

Emma Ricart , Valérie Leclère , Areski Flissi , Markus Mueller , Maude Pupin et al.
Journal of Cheminformatics, 2019, 11 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s13321-019-0335-x⟩
Article dans une revue hal-02167433v1
Image document

RNAspace.org: An integrated environment for the prediction, annotation, and analysis of ncRNA.

Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Benjamin Grenier-Boley et al.
RNA, 2011, 17 (11), pp.1947-56. ⟨10.1261/rna.2844911⟩
Article dans une revue hal-00639174v1
Image document

SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins

Samuel Alizon , Frédéric Cazals , Stéphane Guindon , Claire Lemaitre , Tristan Mary-Huard et al.
[Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35
Rapport hal-03170023v1
Image document

Reconstruction of full-length 16S rRNA sequences for taxonomic assignment in metagenomics

Pierre Pericard , Yoann Dufresne , Samuel Blanquart , Hélène Touzet
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
Communication dans un congrès hal-01574629v1
Image document

Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Céline Villenet , Sabine Quief et al.
BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩
Article dans une revue hal-01009173v1

Sequence Alignment

Laurent Noé
From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, 1, Wiley, 2022, ⟨10.1002/9781394169641.ch3⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03932710v1

Reproductive isolation among lineages of Silene nutans (Caryophyllaceae): A potential involvement of plastid-nuclear incompatibilities

Zoé Postel , Céline Poux , Sophie Gallina , Jean-Stéphane Varré , Cécile Godé et al.
Molecular Phylogenetics and Evolution, 2022, 169, pp.107436. ⟨10.1016/j.ympev.2022.107436⟩
Article dans une revue hal-03658294v1

Automatic Annotation and Dereplication of Tandem Mass Spectra of Peptidic Natural Products

Emma Ricart , Maude Pupin , Markus Müller , Frédérique Lisacek
Analytical Chemistry, 2020, 92 (24), pp.15862-15871. ⟨10.1021/acs.analchem.0c03208⟩
Article dans une revue hal-03082142v1
Image document

How to make teenage girls love coding using Python and the visual arts orienting language Processing ?

Maude Pupin , Philippe Marquet , Yann Secq
PyParis2017, Systematic Paris Region, Jun 2017, Paris, La Défense, France
Communication dans un congrès hal-01552487v1
Image document

On subset seeds for protein alignment

Mikhail A. Roytberg , Anna Gambin , Laurent Noé , Slawomir Lasota , Eugenia Furletova et al.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2009, 6 (3), pp.483-494. ⟨10.1109/TCBB.2009.4⟩
Article dans une revue inria-00354773v1
Image document

Efficient seeding techniques for protein similarity search

Mihkail Roytberg , Anna Gambin , Laurent Noé , Slawomir Lasota , Eugenia Furletova et al.
Proceedings of the 2nd International Conference BIRD, Jul 2008, Vienna, Austria. pp.466-478, ⟨10.1007/978-3-540-70600-7⟩
Communication dans un congrès inria-00335564v1

A scenario of mitochondrial genome evolution in maize based on rearrangement events

Aude Darracq , Jean-Stéphane Varré , Pascal Touzet
BMC Genomics, 2010, 11, pp.233. ⟨10.1186/1471-2164-11-233⟩
Article dans une revue hal-00468454v1
Image document

Manycore high-performance computing in bioinformatics

Jean-Stéphane Varré , Bertil Schmidt , Stéphane Janot , Mathieu Giraud
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
Chapitre d'ouvrage hal-00563408v1
Image document

Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases

Maude Pupin
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013
HDR tel-00918918v1
Image document

Évolution des génomes mitochondriaux de plantes : approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris

Aude Darracq
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00833144v1
Image document

Parallel Position Weight Matrices Algorithms

Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Computing, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩
Article dans une revue hal-00623404v1
Image document

Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants

Arnaud Fontaine
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00401991v2
Image document

A combinatorial and integrated method to analyse RNA-seq reads

Nicolas Philippe , Mikael Salson , Thérèse Commes , Eric Rivals
EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.290⟩
Article dans une revue lirmm-00757979v1
Image document

Compter les globules blancs, analyser les partitions

Mathieu Giraud
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
HDR tel-01577763v1

Modeling alternate RNA structures in genomic sequences.

Azadeh Saffarian , Mathieu Giraud , Hélène Touzet
Journal of Computational Biology, 2015, 22 (3), pp.190-204
Article dans une revue hal-01228130v1

Graph analysis of fragmented long-read bacterial genome assemblies

Pierre Marijon , Rayan Chikhi , Jean-Stéphane Varré
Article dans une revue hal-02167175v1

Monomer structure fingerprints: an extension of the monomer composition version for peptide databases

Ammar Abdo , Eissa Ghaleb , Naser Alajmi , Maude Pupin
Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2020, 34 (11), pp.1147-1156. ⟨10.1007/s10822-020-00336-8⟩
Article dans une revue hal-03081813v1

SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation

Evguenia Kopylova , Laurent Noé , Pierre Pericard , Mikaël Salson , Hélène Touzet et al.
Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-01094011v1
Image document

Use of whole-genome sequencing in the molecular investigation of care-associated HCoV-OC43 infections in a hematopoietic stem cell transplant unit

Delphine Beury , Léa Fléchon , Florence Maurier , Ségolène Caboche , Jean-Stéphane Varré et al.
Journal of Clinical Virology, 2020, 122, pp.104206. ⟨10.1016/j.jcv.2019.104206⟩
Article dans une revue hal-02403094v1