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189 Résultats

String Processing and Information Retrieval

Thierry Lecroq , Hélène Touzet
Springer International Publishing, 12944, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-86692-1⟩
Ouvrages hal-03368750v1
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Practical dynamic de Bruijn graphs

Alan Kuhnle , Victoria G. Crawford , Christina Boucher , Rayan Chikhi , Travis Gagie et al.
Article dans une revue hal-01935559v1

Finding and analysing microRNAs in plant genomes with miRkwood

Isabelle Guigon , Sylvain Legrand , Jean-Frédéric Berthelot , Mohcen Benmounah , Helene Touzet et al.
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-01247604v1
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Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers

Yoann Dufresne , Laurent Noé , Valérie Leclère , Maude Pupin
Journal of Cheminformatics, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩
Article dans une revue hal-01250619v1
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Chromosome-level genome assembly reveals homologous chromosomes and recombination in asexual rotifer Adineta vaga

Paul Simion , Jitendra Narayan , Antoine Houtain , Alessandro Derzelle , Lyam Baudry et al.
Science Advances , 2021, 7 (41), pp.eabg4216. ⟨10.1126/sciadv.abg4216⟩
Article dans une revue hal-03406292v1
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Debugging long-read genome and metagenome assemblies using string graph analysis

Pierre Marijon , Jean-Stéphane Varré , Rayan Chikhi
JOBIM 2017- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France.
Poster de conférence hal-01574824v1
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Matrices score-position, algorithmes et propriétés

Aude Liefooghe
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00832725v1

SortMeRNA: a new software to filter total RNA for metatranscriptomic or RNA analysis

Evguenia Kopylova , Laurent Noé , Helene Touzet
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2012, Jul 2012, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-00763792v1
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Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs

Jean-Stéphane Varré
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008
HDR tel-00832685v1
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New algorithmic and bioinformatic approaches for the analysis of data from high throughput sequencing

Evguenia Kopylova
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. English. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-00919185v2

Computational and experimental evidence for the evolution of a (beta alpha)8-barrel protein from an ancestral quarter-barrel stabilised by disulfide bonds.

Markus Richter , Manal Bosnali , Linn Carstensen , Tobias Seitz , Helmut Durchschlag et al.
Journal of Molecular Biology, 2010, 398 (5), pp.763-73. ⟨10.1016/j.jmb.2010.03.057⟩
Article dans une revue hal-00755666v1
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On the number of elements to reorder when updating a suffix array

Martine Léonard , Laurent Mouchard , Mikaël Salson
Journal of Discrete Algorithms, 2012, 11, pp.87-99. ⟨10.1016/j.jda.2011.01.002⟩
Article dans une revue inria-00636066v1
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RNA Locally Optimal Secondary Structures

Azadeh Saffarian , Mathieu Giraud , Antoine de Monte , Hélène Touzet
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩
Article dans une revue hal-00756249v1
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Sneak peek at the -tig sequences: useful sequences built from nucleic acid data

Camille Marchet
2022
Pré-publication, Document de travail hal-03768446v2
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Norine: update of the nonribosomal peptide resource

Areski Flissi , Emma Ricart , Clémentine Campart , Mickael Chevalier , Yoann Dufresne et al.
Nucleic Acids Research, 2019, ⟨10.1093/nar/gkz1000⟩
Article dans une revue hal-02376009v1
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Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?

Nicolas Guillaudeux , Catherine Belleannée , Samuel Blanquart , Jean-Stéphane Varré
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
Poster de conférence hal-02267357v1
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Complete Sequence, Multichromosomal Architecture and Transcriptome Analysis of the Solanum tuberosum Mitochondrial Genome

Jean-Stéphane Varré , Nunzio d'Agostino , Pascal Touzet , Sophie Gallina , Rachele Tamburino et al.
International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20, ⟨10.3390/ijms20194788⟩
Article dans une revue hal-02298474v1
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Seed design framework for mapping SOLiD reads

Laurent Noé , Marta L. Gîrdea , Gregory Kucherov
RECOMB, Aug 2010, Lisbon, Portugal. pp.384-396, ⟨10.1007/978-3-642-12683-3_25⟩
Communication dans un congrès inria-00484642v1

Palantir: a springboard for the analysis of secondary metabolite gene clusters in large-scale genome mining projects

Loïc Meunier , Pierre Tocquin , Luc Cornet , Damien Sirjacobs , Valérie Leclère et al.
Bioinformatics, 2020, 36 (15), pp.4345-4347. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa517⟩
Article dans une revue hal-03081849v1

Iterative Spaced Seed Hashing: Closing the Gap Between Spaced Seed Hashing and k -mer Hashing

Enrico Petrucci , Laurent Noé , Cinzia Pizzi , Matteo Comin
Journal of Computational Biology, 2020, 27 (2), pp.223-233. ⟨10.1089/cmb.2019.0298⟩
Article dans une revue hal-02910076v1
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Norine: a powerful resource for novel nonribosomal peptide discovery

Maude Pupin , Qassim Esmaeel , Areski Flissi , Yoann Dufresne , Philippe Jacques et al.
Synthetic and Systems Biotechnology, 2015, ⟨10.1016/j.synbio.2015.11.001⟩
Article dans une revue hal-01250614v1

Porechop_ABI: discovering unknown adapters in Oxford Nanopore Technology sequencing reads for downstream trimming

Quentin Bonenfant , Laurent Noé , Hélène Touzet
Bioinformatics Advances, 2023, ⟨10.1093/bioadv/vbac085⟩
Article dans une revue hal-03932719v1

Bipartite Graphs of Small Readability

Rayan Chikhi , Vladan Jovičić , Stefan Kratsch , Paul Medvedev , Martin Milanic et al.
COCOON 2018 - The 24th International Computing and Combinatorics Conference, Jul 2018, Qingdao, China
Communication dans un congrès hal-01935562v1

Bioinformatics Tools for the Discovery of New Nonribosomal Peptides

Valérie Leclère , Tilmann Weber , Philippe Jacques , Maude Pupin
Bradley S. Evans. Nonribosomal Peptide and Polyketide Biosynthesis, 1401, Humana Press, pp.209-232, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3373-0 978-1-4939-3375-4. ⟨10.1007/978-1-4939-3375-4_14⟩
Chapitre d'ouvrage hal-01398960v1

Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
Communication dans un congrès hal-01153893v1

Algorithms for bioinformatics

Hélène Touzet
Mihai Pop; Hélène Touzet. WABI, Sep 2015, Atlanta, United States. 9289, Springer Verlag, 2015, 15th International Workshop, WABI 2015, Atlanta, GA, USA, September 10-12, 2015, Proceedings, ⟨10.1007/978-3-662-48221-6⟩
Proceedings/Recueil des communications hal-01228138v1

Genome scaffolding with PE-contaminated mate-pair libraries

Kristoffer Sahlin , Rayan Chikhi , Lars Arvestad.
WABI 2015, 2015, Atlanta, United States. ⟨10.1101/025650⟩
Communication dans un congrès hal-01236176v1
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Evidence for the Existence of Elaborate Enzyme Complexes in the Paleoarchean Era

Bernd Reisinger , Josef Sperl , Alexandra Holinski , Veronika Schmid , Chitra Rajendran et al.
Journal of the American Chemical Society, 2014, pp.122-9. ⟨10.1021/ja4115677⟩
Article dans une revue hal-00924047v1
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Tandem Halving Problems by DCJ

Antoine Thomas , Aïda Ouangraoua , Jean-Stéphane Varré
Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.417-429, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_33⟩
Communication dans un congrès hal-00749019v1
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SortMeRNA: Fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data.

Evguenia Kopylova , Laurent Noé , Héléne Touzet
Bioinformatics, 2012, 28 (24), pp.3211-3217. ⟨10.1093/bioinformatics/bts611⟩
Article dans une revue hal-00748990v1