Alors que les poissons téléostéens représentent les deux tiers des vertébrés marins, l'interaction entre leur microbiote externe et leur environnement reste peu étudié, en particulier chez les populations sauvages. Ainsi, le lien entre le microbiote et les ectoparasites n'est pas bien compris. Le microbiote peut agir comme une barrière protectrice contre les pathogènes et/ou être impliqué dans la reconnaissance de l'hôte par les parasites. Les associations hôte-parasite devraient désormais être considérées comme des interactions tripartites où le microbiote façonne le phénotype de l'hôte et sa relation avec les parasites. Ces interactions ont déjà été décrites chez certaines espèces de téléostéens qui peuvent être parasitées par des monogènes (Plathelminthes) qui sont des ectoparasites à cycle de vie direct que l'on trouve couramment sur leur peau et leurs branchies. Leurs larves nagent activement, s'orientent et repèrent leur hôte grâce à des stimuli chimiques. Les communautés bactériennes sont soupçonnées de contribuer à la production de ces signaux et pourraient donc jouer un rôle important dans les mécanismes de spécificité parasitaire.L'objectif de cette thèse était d'explorer les mécanismes qui sous-tendent la spécificité des monogènes pour leur(s) hôte(s) en caractérisant le microbiote, la composition chimique du mucus externe des téléostéens (peau et branchies), et en développant des approches expérimentales pour mieux caractériser le rôle des stades précoces des Lamellodiscus dans cette spécificité. Nous nous sommes concentrés sur l'association entre les Sparidae, une famille de poissons retrouvée en Méditerranée, et les monogènes du genre Lamellodiscus qui présentent des profils de spécificité variés pour leurs hôtes.Au cours de cette thèse, nous avons tout d'abord (i) étudié l'évolution des communautés bactériennes du mucus externe de deux espèces sauvages de sparidés présentant des charges parasitaires en Lamellodiscus contrastées. Nous avons ensuite (ii) caractérisé les communautés bactériennes et la composition chimique du mucus externe de quatre espèces de sparidés sauvages et étudié l'influence de différents facteurs sur leur variabilité (environnementaux ou propres à l'hôte). Nous nous sommes ensuite concentrés sur une espèce qui n'est jamais parasitée par les monogènes du genre Lamellodiscus. Nous avons exploré si cette espèce se distinguait des trois autres par une signature bactérienne et chimique particulière qui pourrait expliquer sa protection vis à vis des Lamellodiscus. Enfin, l'objectif de la dernière partie (iii) était de développer des approches expérimentales pour comprendre quels facteurs sont susceptibles de favoriser l'établissement et le maintien des différents stades de vie du parasite sur son hôte. Un système non-invasif de collecte d'œufs de Lamellodiscus a d'abord été développé. À partir de là, nous avons pu établir des conditions optimales de maintien in vitro d'œuf de Lamellodiscus pour favoriser leur éclosion. Nous avons, alors, réalisé une première caractérisation morphologique des stades de vie précoces d'une espèce de Lamellodiscus à l'aide de microscopie optique et électronique à balayage. En parallèle, nous avons développé une méthode pour, à terme, étudier le comportement et la préférence larvaire pour des mucus de différentes espèces de sparidés.